将成为后患，就秘不发丧，而且令人装扮台使，矫晋惠帝诏书赐司马颖死。司马颖被看守他的人田徽缢死，时年二十八。他的两位儿子也被杀。
永兴三年（306年），司马越因为张方劫持迁移晋惠帝，天下人埋怨气愤，首先主张起事并和山东各诸侯限定日期奉迎晋惠帝归来。他先派人去劝说司马颙，叫他送晋惠帝回到京都，与司马颙划分陕地而治。司马颙想听从他的建议，但张方不同意。等到东边的军队取得大捷，司马颖等人失败，司马颙才下令张方的亲信将领郅辅夜里斩了张方，送其首级给东来的部队。不久又变卦，改派刁默守卫潼关，却归罪郅辅杀了张方，又斩了郅辅。司马颙的先遣部队将领吕朗等据守荥阳，范阳王司马虓的司马刘琨拿张方的首级给吕朗看，于是吕朗投降。当时东边的军队已很强大，打败刁默入关，司马颙畏惧，又派马瞻、郭伟在霸水抵抗他们，马瞻等战败逃跑。司马颙乘着单马车，逃到太白山。
司马越屯兵温县（今河南温县），部将祁弘率领鲜卑骑兵攻入长安，大肆抢掠。后祁弘挟持惠帝乘牛车返回洛阳，司马越率令大军护送。以皇太弟的太保梁柳任镇西将军，镇守关中。马瞻等人在司马越大军走后，又出来到了梁柳那里，趁机就在城内一起杀了梁柳。马瞻等与始平太守梁迈联合，到南山迎请司马颙。司马颙开始不肯入府，长安令苏众、记室督朱永劝司马颙上表谎称梁柳病死。弘农太守裴暠、秦国内史贾龛、安定太守贾疋等人发义兵征讨司马颙，斩了马瞻、梁迈等人。司马越派遣督护麋晃率领本封国的部队讨伐司马颙。到了郑地，司马颙的将领牵秀抵抗麋晃，麋晃斩了牵秀，并杀了他的两个儿子。东海军占据了关中，司马颙仅保守孤城而已。
惠帝下诏封司马越太傅录尚书事，以下邳、济阳（今河南兰考）二郡增封。不久后，晋惠帝在显阳殿食饼中毒逝世，坊间传言是被司马越毒死的。皇太弟司马炽继位，是为晋怀帝，委政事于司马越。吏部郎周穆与其妹夫诸葛玫游说司马越废司马炽，立清河王司马覃，让司马越