遣的官，后来因与巡按御史，不相统属，所以巡抚常派都御史。总督亦兼都御史。清朝则左都副御史，都满汉并置。右都副御史，但为在外督抚的兼衔（六科给事中，掌谏诤及稽查，在明代亦为有实力的官。清朝雍正时，使给事中隶属都察院，遂失其独立的资格）。大理寺与刑部、都察院，并称三法司，明清两代都同。翰林院本系文学侍从之官，明朝从天顺以后，非进士不入翰林，非翰林不入内阁；所以翰林院的位置，骤觉崇高。詹事府本东宫官，清朝不设太子，此官但为翰林院升转之阶。宗人府管理皇族，在明代关系本不甚重要。但在清代，宗室爱新觉罗系一特别阶级，专归宗人府管理。凡宗室爱新觉罗议叙，专归宗人府，议处亦由宗人府会同刑部办理，所以宗人府亦颇有关系。历代中央各官，大半为奉君主一人而设。清朝则此等官署，虽亦俱有，而实际上供奉天子的事情，大部分在内务府。又太监亦是为内务府管理的，所以又兼历朝内侍省之职。
外官则明初改路为府。府之下为县。州则属州同于县，直隶州同于府。其上设布政按察二司，布政司掌民政，按察司掌刑事。也是行的两级制，而上有监司之官。但是元朝的行省，区域本嫌太大（这本不是认真的地方区划）。明初虽废去行省，而布政司所管的区域，却沿其旧，以致庞大而无当。又布政司的参政参议，按察使的副使佥事，都分司各道，遂俨然于府县之上，添设一级（道的名目很繁。在明时，最普通的，是“分巡”、“分守”和兵备。《明史》说：“明初制恐守令贪鄙不法，故于直隶府州县设巡按御史，各布政司所属设试佥事。已罢试佥事改按察分司四十一道，此分巡之始也。分守起于永乐间，每令方面官巡视民瘼，后遂定右参政右参议分守各属府州县。兵道之设，仿自洪熙间。以武臣疏于文墨，遣参政副使沈固、刘绍等往各总兵处整理文书，商榷机密，未尝身领军务也。至弘治中，本兵马文升，虑武职不修，议增副佥一员敕之，自是兵备之员盈天下。”）。而明朝所遣总督巡抚，本是随时而设的，在清代又成