设军机处于隆宗门内。选阁臣和部院卿贰，兼摄其政，谓之军机大臣。另简部曹和内阁中书等，管理拟稿编纂等事，谓之军机章京。从此以后，枢务都归军机处了。
六部在明朝，都以尚书为长官，侍郎贰之。其下有郎中员外郎，分设许多清吏司，以办一部的事务。这是庶政的总汇。清朝：尚书，满汉各一。侍郎，满汉各二。又于其上设管理部务的大臣（吏、户、兵三部和理藩院都有。因最初设部的时候，原系以贝勒管理，后来虽设尚侍，吏、户、兵三部，都沿袭未废。管部大臣，清初兼用亲王郡王。后来以权太重。但用大学士），以致尚侍的权柄，亦不完全。理藩院虽名为院，亦设尚侍，官制和六部相同，但所用都系满蒙人。五口通商以前，西洋各国的交涉，也都是由理藩院办理的。咸丰十年，才特设总理各国事务衙门，派王大臣管理。光绪二十七年，改为外交部。有管部大臣一，会办大臣一，尚书一，侍郎一，又有左右丞及左右参议。派公使驻扎各国，起于光绪元年。其初系以京卿出使，仍留原职。后来才独立为一官，隶属外务部。分头二三等，平时所派，为二三等；遇有特别事务，才派头等。又有总副领事和领事，驻扎各国，以保护侨民。光绪三十二年，改设外务、吏、民政（以新设的巡警部改）、度支（以户部改，财政处、税务处并入）、礼（太常寺、光禄寺、鸿胪寺并入）、学（以新设的学务处改，国子监并入）、陆军（以兵部改，练兵处太仆寺并入）、农工商（工部改，商部并入）、邮传、理藩（理藩院改）、法（刑部改）十一部。除外务部外，都设一尚书，两侍郎，不分满汉。宣统元年，又增设海军部咨议府。尚书都改为大臣。而将吏礼部并入内阁。裁军机处政务处，另设总协理大臣，以图设立责任内阁。
明清两朝，都察院的权最重。明制：有左右都御史、左右副都御史、左右佥都御史，及十三道监察御史（清十五道）。在外则巡按、清军、提督学校、巡监、巡漕等事，都以委之。而巡按御史，代天子巡守，权最重。总督巡抚，本系临时派