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润六月二十三，王思任从闽江逆流而上，由水门进入了别号“三山一水”的福州，（“三山”指于山、乌石山、屏山。“一水”指闽江。意指“城内三山鼎立，闽江东流入海。”）而这时，已改名为天兴府，号“福京”了。
明洪武四年（1371年），驸马都尉王恭在福州主持修建“府城”。该城大部分是在夹城和外城的旧基上重建的。其城墙用花岗石砌筑，北跨越王山，南绕乌石山和于山南麓。四围约19里，城墙高2.1丈多，厚1.7丈；城上建有敌楼62座、警铺98座、堞楼2684座。嘉靖三十八年（1559年），为防倭患，又在城上增设敌台36个。“府城”共有7个城门，即南门、北门、东门、西门和水部门（在东南面）、汤门（在东北面）、井楼门（在汤门北面）。在一些要冲地带，城外缘还加建半圆形的瓮城。
象广州等南方城市一样，福州也是依水而建，水的两岸自然形成街道的。福州城内，有许多条河流经过它，河岸是倾斜的，很宽阔，可以做为城市的街道使用，船只可以栽着物品由此进出。
隆武元年（1645年）润六月十二，郑芝龙、郑鸿逵与福建巡抚张肯堂、巡按御史吴春枝、礼部尚书黃道周等，拥立唐王称帝于福州，改元隆武。郑芝龙受封平虏侯，掌握军政大权；旋晋平国公(二弟郑芝虎前战死)，三弟郑鸿逵(原名郑芝彪)为定虏侯，旋晋定虏公。四弟郑芝豹(小字莽二)封澄济伯，侄儿郑彩也受封永胜伯，此时的郑家真可谓一门官居极品了。
隆武帝以大明疏藩即位皇帝，尽管他颇想有所作为，重建大明江山。但在这个实际的社会里，他一年前还是高墙内的罪宗，既缺乏自己的班底，又没有足够的名分，这一天生的弱点使他不得不依赖福建的军阀郑氏一门。但同时，隆武帝还任命黄道周、苏观生、陈子壮、曾缨、傅冠、何吾驺等二十余人为大学士，开了明代历史的先河。任命张肯堂为吏部尚书，何楷为户部尚书，吴春枝为兵部尚书，周应期为刑部尚书。将江