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五月二十二日，马士英奉邹太后到达杭州，潞王朱常淓以及在杭州的官员都来朝见。不久，方国安领着一万多人马也逃了回来，并带来黄得功战死，弘光帝被俘的确切消息。
六月初七，邹太后发布懿旨，命潞王监国。以太后懿旨的名义，是为了给朱常淓即位继统增加合法性。然而，这时的情形已经和一年前大不相同，朱常淓惟恐自己将成为清军打击的主要目标，拒绝接受。在大家的反复劝说下，他才勉强答应。
六月初八，朱常淓就任监国。祁彪佳也早早地被请到杭州，拜为兵部侍郎，总督苏州、吴松兵马。祁彪佳的兵部侍郎明显是个虚衔，其实是被马士英以一个从二品的官衔远远地打发了出去。
所以，在初八的监国庆典上，祁彪佳只能站在角落里，看着身着蟒服玉带的马士英、朱大典一党站在前排，一个个恬胸堞肚、趾高气扬。上面的潞王远远瞅见素服角带，相貌清绝的祁彪佳，问：“此为谁？”
与马士英并立的大学士黄道周抢先答道：“山阴祁彪佳！”
潞王欣然，亲自走过来，谓：“先生真一代忠良，今日幸与共任大事。”又执马士英的衣袖，云：“马辅遇事要多与祁先生商量。”
马士英哼了一声，傲然不肖地将脸转到一边去了，丝毫没给潞王面子。而现在，只能仰马士英鼻息的朱大典，立刻跟上了，云：“祁家不知事，吾从行在为圣驾开道来，何不问我？”
祁彪佳见马士英如此大不敬，已然动怒，不禁看着朱大典冷笑道：“既为圣驾开道，今日圣驾安在？”一句话，暗讽其不能保着弘光帝远遁，说得朱大典紫涨了面皮，楞在当场。
马士英心里这个气啊！示意朱大典赶快辩驳。祁彪佳的话，分量太重了，要是被做实，朱大典这个蠢材就是死罪啊！见朱大典半天还是不能辨白，马士英只得亲自为他开托了，“大典开道在前，安知圣驾所在？
今日潞王庆典，世培一身素服，又是何居心啊？可是对潞王不满？”