，朱由检追究有关官员的责任，兵部尚书王洽死于狱中，蓟辽总督刘策、山西巡抚耿如杞、总兵张士显等文武大员被杀。
八月十六日，朱由检数落袁崇焕“付托不效、专恃欺隐”以及给哈剌慎卖粮从而间接支援后金、图谋议和、纵敌不战、遣散援兵等罪状，将他凌迟处死。
袁崇焕获罪后，先前支持过他的钱龙锡、韩爌遭到史??、高捷等亲温体仁的言官弹劾，相继去职，李标、成基命虽继任首辅，亦不能久安于位，先后辞任。
东林党的势力一落千丈，周延儒、温体仁入阁主政。
崇祯年间，小冰河期进入比较严重的阶段，引发灾荒频繁、粮食歉收，西北和中原受灾尤甚。
而田赋加派依然不减，造成社会矛盾的激化。
崇祯元年，遭受大旱的陕西澄城爆发王二起义，他们杀死知县、啸聚山林，拉开明末农民战争的序幕。
陕西各地走投无路的农民与边镇逃兵、被裁撤的驿卒等合流，纷纷揭竿而起。
这些起义者各自为战、流动性强，所以被统治阶级称为“流寇”。
崇祯二年四月，朱由检任命杨鹤为陕西三边总督，接替已故的武之望，负责处理陕西民变。
朱由检对于民变采取以抚为主、以剿为辅的方针。
杨鹤贯彻朱由检的这种方针，陆续招安了一批起义者，其中最大的成果是崇祯四年招安神一魁。
但由于根本的社会矛盾没有解决，所以许多起义者在接受招安后因得不到有效安置而重新起义，神一魁就不到一个月即“复叛”。
朱由检闻讯震怒，于九月二十三日下令逮捕杨鹤，将他遣戍袁州，代之以主剿的延绥巡抚洪承畴出任陕西三边总督，要求陕西督抚“鼓励道将，速图剿定”。
在洪承畴等的大力镇压下，陕西的各路起义军在崇祯五年冬转战山西。
朱由检以曹文诏节制秦、晋诸将。
一年后，各路起义军又成功实现“渑池渡”，转进河南，攻城略地。