福建固然重要，但在清廷眼中，最担心的还是明军攻入江西、浙江，动摇江南的统治。除了一些拿不上台面的阴谋诡计外，清廷也作出了紧急的应对。“平南将军”都统贝子赖塔赴浙江、“定南将军”希尔根赴江西，另以杭州、镇江水师分防海口，贝子傅喇塔为“宁海将军”，赴福建，共同防剿明军。
明军的攻势并未因为郑军的退出而有所放缓，水陆并进，直指福州。招降纳叛，新兵补充，明军的兵力非但没有因为占地多而减少，反而有所扩充。特别是水师，吸收了降清的原郑家兵将，吸收了大量的沿海渔民，又缴获了很多的船只，实力增长更为显著。
早已组建的长江水师终于可以按计划行动。两百余艘中小型舰船，装载着两千水手，三千海军陆战队官兵，五千枝燧发火枪及弹药，数百门大小火炮，由广州出发，沿岸而行，直驶长江入海口。
而海军则兵分两路，一路由总指挥邓耀率领，进逼福州海面；一路由杨彦迪率领，前往杭州、镇江海口袭扰，牵制浙江清军。
整个战略布局此时才算完全展开，充分发挥水师的作用，更进一步地联合其余的抗清力量，成为这一战略的宗旨。郑军暂时息鼓，而十三家，得到长江水师相助后，必将展示出更强的战力，牵制住更多的清军。占据大小梅岭的李嗣兴所部，在得到兵员和武器的补充后，也将对江西清军展开新的攻势。
也就是说，当清廷专注于闽省战局时，明军却在其他地方也酝酿着猛烈的攻势。清廷错估了形势，错估了南明政府聚敛钱财的能力。错估了明军扩充及装备的速度，错估了南明治下民众的热情，错估了暴政下百姓蕴含的反抗情绪。
甘陕出精兵，当经营商洛。以取天下。江南固然粮多财赋多。然长江宽阔，沿江布防则兵力受制。难以再动用大军攻掠他处。
晋王李定国的来信说的便是如此内容，虽然委婉，但还是表达出了对目前明军主攻方向的不同意见。
或许是因为专力于东征，武器装备和人员兵丁向四