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台湾与厦门一水之隔，中间是澎湖列岛。明朝在澎湖设巡检司，巡逻查缉罪犯，并兼办盐课。天启四年，荷兰人入侵台湾，在台湾西南部大员岛东岸修建热兰遮城，又在赤嵌筑普罗民遮城，亦称赤嵌城。荷兰人强迫台湾民众缴纳租税，掠夺台湾的米糖等特产，抓捕百姓贩卖到巴达维亚去当奴隶。岛上汉人及番人受压迫过甚，曾发动起义，遭到荷兰人血腥镇压。
诸将舍不得离开故土，对收取台湾心存疑虑，大将吴豪、黄廷等人更是反对出兵台湾，只有建威伯马信、参军陈永华、协理五军戎政杨朝栋支持收取台湾。张煌言闻讯后，担心郑成功偏隅于台湾，远离抗清前线，无意兴复大明，急忙写了封信函，词多激切，劝郑成功卷土重来，反攻大陆。郑成功一言为定，决定兴师复台，以长子郑经驻兵厦门，使陈永华、洪旭等人辅之。又安排南澳、铜山、金门等处防御后，便开始储备粮饷，练兵造船，侦察敌情，做好征台的准备事宜。
荷兰人得知郑成功要收复台湾的消息后，立即戒严全岛，由巴达维亚向台湾增兵六百人、舰船十二艘，使在台湾的总兵力达到二千八百人。并且增修和加固城堡，储备了大量粮食、武器弹药及其他军资，仅火药就达三万磅。为了阻止郑军登陆，荷军总督揆一坐镇热兰遮城，统兵一千八百人；荷军司令官描难实叮防守赤嵌城，统兵五百人。又以五百兵士镇守其他城堡和港口，再沉船鹿耳门，堵塞航道。
二月，郑成功得到消息，顺治帝正月初七驾崩，遗诏传位于六岁的爱新觉罗?玄烨，指派索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜四大臣辅政。协理戎政杨朝栋禀道：“清虏新君初立，朝政不稳，各地军队不敢轻举妄动，此是藩主取台良机。”郑成功闻言大喜，即向将领们询问出兵计策。
参军陈永华道：“台湾大员港航道口宽水深，但敌舰密布台江，炮台林立，不易突入登陆。我军当先复澎湖，以之为前进基地，再乘涨潮之机，通过鹿耳门入港，从禾寮港登陆，攻取赤嵌城，后取热兰遮城