堀悌吉主张军功第一，不但让航校毕业生当上军官，还开始在飞行队提拔将官，在冢原率队出征前，渊田美津雄以机动部队总队长身份破格晋升少将（52期少将第一人），晋升速度甚至超过同期且战功同样不小的源田实（当然源田实也得到了暗示，只要这次战役成功，他也能在明年春天升将官），除渊田美津雄担任将官外，一批飞行队长晋升军衔，江草隆繁、村田重治等资深中佐全部晋升大佐，距将官只有一步之遥。
在舰载飞行队里，堀悌吉又想方设法搞了第二指挥梯队（或称后备梯队），即在总队长之下设舰战、舰攻、舰爆、舰侦（含水侦）4大飞行队，然后再分设飞行分队，同时又打破飞行分队对航母的隶属关系，飞行员只属于飞行队，而飞行队只属于航空战队，所有飞行员应该熟悉每一艘航母以便起降，万一在作战中因为原驻防航母沉没也不至于在出击归来后茫然不知所措。
像岛崎重和是珍珠港战役中的第二攻击波指挥官，这次就以大佐军衔被任命为副总队长（渊田的后备），诸如江草隆繁主管的舰爆、村田重治主管的舰攻等都有后备指挥官。因此这次佯攻出击都由后备指挥，唯一例外是舰战，表面上资历更老的板谷茂（海兵58期首席）是队长，赤松贞明是其后备，应该由后者去。但实际上由于板谷茂在南太平洋海战前就待在国内，是少数几个没旅欧的飞行队长，现在新的作战经验和带队娴熟程度还不如赤松贞明，因此舰战分队由其率领，其余由赤松贞明带领负责舰队直掩。
佯攻巴拿马是冢原定下的策略，不但有前后呼应、混淆美军视线的作用，同时也有实弹练兵的意义。6月份机动舰队重组后，主力部队分到了三分之一的新手（只进行了训练，连一次实际战役也没参加过），考虑到中途岛之战、圣诞岛之战的压力都不大，冢原决心让一部分老鸟带这批新手去巴拿马探探情况，特别是要实地飞一把夜袭——训练和实战毕竟不可同日而语。
按渊田美津雄的安排，这次出动的舰攻、舰爆都不携带攻击武器，只带够副