在霍夫曼强力整合与推动下，原本散落各处的超级炸弹项目人员与科研力量逐渐整合在了一起，但其间并不顺利，陆军军械局、海军和空军军备局等军事机构、威廉皇帝物理研究所等研究机构均纷纷插手，行政的、经济的、学术的乃至意识形态的力量渗透其间，表面上大家都为了同一个目标，但实际上各有各的小算盘，这让霍夫曼很头疼。
那些明面上彬彬有礼的专家中也存在着不大不小的矛盾：以海森堡为首的理论物理学家与瓦-尔特-博特为首的实验物理学家之间存在着“能源派”与“炸弹派”的矛盾，炸弹派中又有“铀路线”与“钚路线”的分歧。在霍夫曼看来，所有关于早期原子能利用与核工程项目中出现过的争论在德国科学家身上都可以找到，偏偏一个个来头不小且互不买账。
更要命的是，科学家们虽然彼此间争得面红耳赤，但对行政官僚和军方将领的态度却基本一致——认为他们啥也不懂。在专家眼里，没有物理学或者放射化学博士学位打底，连入门讨论资格也没有。德国人崇尚权威不假，但学术领域崇尚的是学术权威而不是行政权威。倒是霍夫曼和这批专家们沟通几次后博得了初步认可，认为元首是官僚中最清楚铀项目底细的人。
施佩尔费尽心机进行了统合，建筑师出身的军备部长虽然同样对核武器一窍不通，但对工作统筹与项目人员进行了比较理想的搭配，完成了最让霍夫曼头疼的前期准备。根据统一安排，项目负责人由施佩尔亲自担任，日常工作组织开展与费用拨付由米尔希元帅具体负责，学术负责人则由海森堡和博特分别担任正副手。
米尔希元帅与铀项目的关系一直纠缠不清，直到被发配去看管战俘营后才脱离工程，但所有人都没想到，仅仅几个月，这个被认为完全靠边站的元帅重新站在舞台中央——不但担任了军备部副部长和托特组织的负责人，还出任整体项目的实际领导。
从1942年9月霍夫曼决定加速超级炸弹项目并拨款5亿马克以来，整个项目以“阿波罗”为代称加