长沙王司马乂虽然控制了朝廷，但事无巨细，一概派人到邺城向成都王司马颖请示意见，然后施行。司马颖任命孙惠为参军，陆云为右司马。
长沙王司马乂，行事果决、英武刚强，类似与被司马伦害死的淮南王司马允，但感觉他不如司马允沉稳，分析判断能力略差一点。也可能是他更相信同为武帝司马炎儿子的成都王能和他一起保卫惠帝和朝廷。不管怎么说，他应该在司马家这些子弟里算是比较出挑的一个。
司马颙本来计划是让司马乂起兵攻打司马冏，司马乂实力不足，一定会被杀。此时，他再打出为司马乂报仇的旗号，进攻实力大损的司马冏，坐收渔人之利。没想到司马乂战力爆表，自己竟然就消灭了司马冏，他也只好先退兵回去。后来司马颙又让李含与冯荪、卞粹等暗中策划杀害司马乂。皇甫商知道李含此前伪造诏书并与司马颙图谋不轨，全都把知道的情况告诉了司马乂。司马乂便杀了李含等人。
司马颙听说李含被杀，立即以讨伐皇甫商为名起兵，派张方任都督，率领精锐兵士七万联合司马颖向洛阳（今河南洛阳）进军。司马乂与司马颙、司马颖联军大战数月，不分胜负。朝廷认为两方都是亲戚，完全可以和解，于是派太尉王衍、司徒石陋劝说司马颖，叫他休兵，双方分陕而居。但遭司马颖拒绝。史书上说司马颖神智昏乱，确实是所言不虚。他和司马乂、司马衷同为司马炎的儿子，是骨肉至亲，居然让司马颙挑唆干这种亲痛仇快的事，实在不是一个明白人。
司马乂于是写信劝司马颖说：“你我是兄弟至亲，不应互相残杀。你背叛朝廷，不得人心，我是念着兄弟之情，才劝你休兵。只要你休兵返回封地，我就不再追究。”司马颖则回信给司马乂说：“你挟持皇帝，还亲近羊玄之、皇甫商等奸臣，为非作歹，扰乱朝政。只要你杀了羊玄之、皇甫商，交权让位，我就息兵罢战。”司马乂看了，不予理睬。张方攻打皇甫商，皇甫商先抵抗而后溃败，张方便进兵攻打西明门。司马乂率领中军左右卫迎击张方，张方众兵大