元朝作为中国历史上第一个征服全国的少数民族政权，其在民族关系的处理上堪称是残暴不仁。具体表现有：
（1）征服过程中的血腥屠城。在蒙古铁骑征服中原的过程中，但凡遇到城市抵抗，往往采取的就是屠城的方式，将工匠之外的壮丁老弱悉数杀光，将剩余的少女少男掠夺为驱口（奴隶，子子孙孙世代为奴）。再加上奸淫掳掠，无恶不作，这种种残暴血腥的恶行为汉蒙之间的民族间关系种下了百年难以消除的国仇家恨。
（2）极端不公的四等人制。元朝在治理国家时，人为地将民众分为高低贵贱的四等人制，分别为蒙古人、色目人（蒙古最早征服的西域少数民族）、汉人（原金朝治下的北方人）、南人（原南宋治下的南方人）。然后，让占据人口最多的汉人和南人用一生艰辛劳作供养统治阶层的蒙古人和色目人。而且，特别过分的是汉人和南人的生命财产没有任何的安全保障，随时可能都会被抢劫、被没收、被凌辱、被诛杀，无处伸冤，他们过着朝不保夕、暗无天日的贫苦生活。
（3）上升通道的堵塞。在唐宋时期，一直都有科举制度这一士族上升通道。但是，元朝的用人标准不是能力和学识，而是种族的高低贵贱。汉人和南人不能担任重要职务，而广大的普通民众则要么因为被掠夺而被当作猪狗般任人宰割和交易的驱口，要么因为土地被抢劫和没收而沦为失去土地的贫农和佃户，只有少数人因为出卖祖宗和尊严成为元朝治下的顺民。
（4）无耻的金融掠夺。当时全国最大规模的金融市场掌握在回回人（回族前身）手里，他们替蒙古贵族经营财产，通过放高利贷、印子钱（羊羔利）来榨取汉人、南人的血汗钱。所谓的“羊羔利”指的是双方约定在羊产羔的时候本利收回，其利率为100%，还不上的话次年转息为本，本再生息，息又生本。基本上老百姓借了这种贷款，就离破家散族不远了。《元史·耶律楚材传》：“州郡长吏多借贾人银以偿官，息累数倍，曰羊羔儿利，至奴其妻子，犹不足偿。”