家族便开始分裂为两大派，一派是西征派，一派是南下派。西征派以阿里不哥为代表，他们的扩张方向和统治势力主要集中在西域、中亚、西亚、东欧等地区，保存了蒙古草原政权的特点，采取分封政权形态和游牧经济结构；南下派以忽必烈为代表，势力范围主要集中在原金国、西夏、南宋这些地区，主张实行汉化政策，以儒家治天下，采取封建政权形态和农耕经济结构。
显而易见，忽必烈的汉化政策引起了西征派诸多蒙古王公贵族的不满，他们认为这是数典忘宗的行为，背离了成吉思汗建立蒙古草原帝国的初衷。
因此，西征派支持阿里不哥继承汗位，反对忽必烈继承汗位。之后，忽必烈与阿里不哥进行了多年的汗位之争，加剧了不同利益团体的冲突与矛盾，将偌大的蒙古汗国推向了分裂。
最终，忽必烈战胜了阿里不哥，但也失去了西征派的支持，西北的几个汗国纷纷独立，不再承认忽必烈为蒙古共主。后来，在忽必烈平定海都之乱后，西北汗国也只是将元朝视为名义上的宗主国。
从此，偌大的蒙古汗国便分裂成了忽必烈治下的元朝与四个汗国（金帐汗国、察合台汗国、窝阔台汗国、伊利汗国）。