五月初二，清军打着为崇祯帝报仇的旗号进入京师。
在此之前，吴三桂部作为先锋，在行军途中曾放出消息，说是发现了前明太子朱慈烺，之后却又不知所踪。
京城中关于朱慈烺的流言漫天飞，一些个留守京城的前明降臣还以为是吴三桂连虏平寇赶跑了李自成，并护送明太子还京。
于是乎，有人特地将崇祯帝牌位立于午门，披麻戴孝放声痛哭，有人摆好太子銮驾，跪在朝阳门静待太子还朝。
有个身着黄袍的中年人，在清军簇拥下，坐上了门口摆放好的銮驾，跪在地上低着头的群臣们老泪纵横，心说大明朝有救矣，待抬头一看，銮驾上的却不是朱慈烺，而是脑后挂着金钱鼠尾辫的满人。
闹得好大一场乌龙，传出去要被天下人耻笑。众人干脆将错就错，管他銮驾上的是谁，称臣拥戴肯定没问题，天下三番五次易主，大家也都习惯了。
坐上銮驾的多尔衮，一时之间风头无两，不是天子更甚天子，权倾朝野。
如果说爱新觉罗福临，也就是现在大清的顺治皇帝是万人之上，那么我多尔衮在福临之上足矣。
而兵分两路追击李自成的多铎、阿济格部和吴三桂部，千里奔袭，直到大顺军溃退进固关才班师还京。
至此，山海关战事才算正式告一段落，清军本预料的是倾力一战险胜入关，所以尽抽族中男丁，结果却不费吹灰之力将京师收予囊中。
同时，顺军大败的消息陆续传入各地。前明势力乘机开始反扑，譬如生员谢陛领头起兵于山东德州，捕杀顺朝官员，前明游击将军高贵等起兵泰安州，前明兵部职方司主事凌马同起兵直隶临清。
一时之间，河北、山东各地叛乱四起。
南面，手握兵权的凤阳总督马士英联合三镇总兵，即高杰、刘良佐、黄得功以及太监卢九德决定拥立福藩朱由崧，并带兵护送朱由崧直抵浦口逼迫史可法做出妥协。
最终，经过一系列的党争内讧，有武将做后盾的福藩于应天府登