政事务和刑狱，郡尉负责全郡的军事和治安，而郡御史又负责考察全郡的官吏，严密注视各级官吏对朝廷政令执行的情况。郡以下的行政机构是县和道，内地叫县，偏远地区叫道，县和道是平级的，官制略同。还规定：县令是一县之长，享受万户以上封邑，万户以下的叫县长。县下设乡、里、亭等机构，乡和里是行政机构，亭是治安组织。乡又设三老、啬夫、游缴等官吏。三老负责宣讲法令和教化民众的事务，啬夫负责征收赋税和审理诉讼的事务，游缴负责巡逻和治安的事务。乡下设里，里正负责组织生产。亭与乡、里并无隶属关系，是治安系统的基层组织，属县尉和郡尉的派出机构。亭有亭长，主要职责是管理治安。这样强化了郡县制，使地方官吏权利互制，都不能揽权，朝廷管理地方的权利大大加强。
在朝廷，皇帝大权独揽，一切官吏的任免由他决定。为了维护嬴氏的一姓统治，防止大权旁落，始皇帝还运用了分权制衡的统治策略来驾驭群臣，就是设制了三公和九卿。三公指丞相、国尉、御史。九卿是奉常、太仆、少府、郎中令、治粟内史、典客、卫尉、廷尉、宗正。丞相是百官之首，分左右，是一官二制，互相制约。丞相的权利又要受到御史大夫的节制，丞相的军权又为国尉分割，重要官员在地位、职责和权利方面都处于互相牵制的状态，改变了以往执政大臣平时治民，战时带兵，出将入相的传统，从体制上防止了权臣专横的局面，从而使军政大权集于皇帝一人之手。
数月后，皇帝又发布了几道诏令：改称老百姓为黔首或黎民；议定统一的法律制度，以《秦律》为国家大法；规定了长度、重量、容量的标准；国家之币分为二等，黄金为上币，以镒计量，二十两黄金为一镒，铜钱为下币，每枚为半两，形状是方孔圆形，定为全国流通的钱币使用。同时废止六国刀形、布形、蚁鼻钱等各种形状的旧币。而珠玉、龟贝、银锡之属，做为器饰宝藏之用，不再作为货币流通；还统一了文字，全国通用小篆，以李斯书写的《仓颉篇》，胡毋敬的《博学篇》