城六部主要的主官，内阁官员有推荐权，必须要皇帝亲自任命。
第五，内阁官员有权利代替皇帝批阅奏折。这需要皇帝的正式受命，或是在皇帝年幼或者皇帝生病的时候才可以。为了区分皇帝的决定和内阁官员的意思，正德皇帝朱厚照采用了一套别开生面的办事方式。这种办事方式影响了大明，也影响了后来的局势。凡是由皇帝下的命令，或是司礼监代皇帝下达的圣旨，都需要用朱砂红笔批示。凡是内阁官员代表皇帝批阅的奏章，必须用蓝色的墨水。后来官方对这种方式有了正式的说法，皇帝或者司礼监下达的命令叫“朱批”，内阁批阅的骄傲“蓝批”。
第六，内阁官员实行轮班制，内部轮流值班。凡是他们批阅的奏章，不但要备份，而且需要留档。原件留在文莱阁，方便查阅和复查，经过誊抄的发往原地。责任到人，谁下大了错误的决定，谁就要负责到底。
第七，一些大事内阁官员不能擅自做主。涉及到皇帝个人的问题，必须请示皇帝本人或者太后、皇后。涉及到皇室或者藩王的，必须上报宗室。涉及到官员腐败的问题，要会同都察院调查。六部相关的重要问题，内阁官员厦大决定前，必须得到相关部门的最高主管签字才可以。军国大事需要召开“廷议”决定结果，上报皇帝最后拍板。
第八，“廷议”是官员之间最高会议。一般由内阁官员召集，六部主要的主管参与，意见相左的时候，大家表决决定。一般来说“廷议”由内阁官员和六部、都察院等等高级官员组成。内阁官员四名正式阁员一人两票，其他的阁员一人一票，六部尚书、侍郎一人一票，都察院、驻守京城的后军都督府大都督、司礼监掌印太监等人一人一票。凡是票数过半的决定，就代表“廷议”通过了。上报皇帝时，需要写明事情原由和得票多少，最后由皇帝决定结果。
第九，内阁官员不能直接掌握军队，不能离开京城，不能出任领兵打仗的直接指挥职务。在轮休或者养病期间，不能行使权利。内阁官员不能私下对任何人说出不该说的秘密，