元末至正二十年（1360年）四月十七日，朱棣生于应天府（今江苏省南京市），五月，陈友谅兵寇池州，不久又传来陈友谅进攻太平（今安徽省当涂县）的文书。陈友谅如果攻陷了太平，就要接着进攻应天。军情紧急，朱元璋甚至对这个儿子都来不及看上一眼，便又到前线指挥作战。
至正二十七年（1367年）旧历年底，朱元璋将在下一年称帝，十二月二十四日，祭告太庙，为自己渡江后生的七个儿子逐一命名，第四子命名为“棣”，此时朱棣才和众兄弟一样有了自己的名字。
朱元璋不仅为儿子命名，还制定了后世子孙取名的规则，每一支拟定了二十字辈分，朱棣一支的字辈为：高瞻祁见祐，厚载翊常由，慈和怡伯仲，简靖迪先猷。
皇子们从小接受严格教育
同年，朱棣与众兄弟受到了严格的军事训练，朱元璋认为七个儿子“宜习劳”，命令朱棣与兄弟们都穿着麻鞋，裹上缠腿，像士兵那样到城外远足，十分之七的路骑马，十分之三的路要步行，随着年龄的增长，他们不时还要在演武场上练习武备。
由于朱元璋十分重视文教，朱棣与兄弟们幼年入学，接受了大儒教导的正统儒家经典教育，早在至正二十四年（1364年），朱元璋就在宫中的白虎殿为诸子安排了专门的读书场所，登基称帝后，太子与诸皇子读书的地方改为文楼，直到洪武元年（1368年）十一月，朱元璋在宫中建成“大本堂”，广集藏书、延请名儒，朱棣等皇子和勋贵子弟便开始在其中读书学习。
封王与成婚
洪武三年（1370年），朱元璋册封诸皇子为王，封朱棣为燕王，又设立大宗正院，即后来的宗人府，掌皇族内部事宜。朱元璋认为，元朝的灭亡，有一条重要原因就是主弱臣强，皇帝不得藩屏之助。因此，分封诸王便是要让藩王拱卫皇帝，以维护朱家皇朝的统治。
洪武六年（1373年）三月，朱元璋颁布《昭鉴录》，四月，颁布《祖训录》给朱棣等藩王，令他们抄写在