浙江等省重兵，目标只有一个——抗倭。
是以胡宗宪在接过委任状的这天，也立下了誓言：不擒王直、徐海，安定东南，誓不还京。
胡宗宪说这话是有信心的，因为接下来每一步怎么走，他心里早有筹谋。
上任伊始，他就对前任总督张经留下来的大将俞大猷、戚继光、卢镗委以重任，让他们整顿军纪、领兵操练，随时做好出战的准备。随后，他又招来徐渭、文徵明等东南名士做为幕僚，制定了“攻谋为上，角力为下”和剿抚兼施、分化瓦解的作战策略。
武将与文将齐备之后，针对倭寇“去来飙忽难测”、“海涯曼衍难守”的特点，胡宗宪着手建立沿海防御系统。
他组织人员把沿海倭情、地形地势及抗倭措施编成《筹海图编》，作为抗倭指导手册。
接着，修造战船千艘，每艘船配置鸟铳、火炮、喷筒、火箭等最新型火器，由俞大猷、戚继光分率巡洋。
又下令在福建沿海设立哨兵，置烽火门、小埕、南日等五大水寨，派兵驻守。浙江沿海则设海盐等三大水寨，招募民商船只，在各港口布列防范，以四参将六总兵统领，并定下前线将领“不拘警报有无，而亲出巡洋”的规矩。
嘉靖三十五年，胡宗宪让手下谋士以招抚名义接近徐海，以重金珍宝贿赂之，再离间他和倭寇头目的关系。最终徐海归降，设计抓捕了数名倭寇首领和几百倭兵，献给胡宗宪。
三年之后，胡宗宪又以汪直的亲人做诱饵，诱骗汪直前来谈判，最后将汪直擒杀于杭州官府港口。
用计除掉徐海、汪直之的同时，胡宗宪又派俞大猷、戚继光等人在长江流域搜捕绞杀倭寇团伙。到嘉靖四十一年，胡宗宪主持的抗倭斗争取得了前所未有的胜利，浙江倭患基本平息，福建沿海的倭寇也渐次减少。
然而就在同年，严嵩被罢官，严党垮台。一直被视为严党走狗的胡宗宪也迎来了仕途的终点。在新任内阁首辅徐阶授意下，南京给事中陆凤仪以贪污军饷、滥征赋税、党庇严嵩