军失去主将无心战守。
八月，王镇恶率舟师由黄河入渭水至渭桥登岸，破后秦军，姚泓出城投降，后秦灭亡。
刘裕东归后，任檀道济为征虏将军，琅琊内史及刘裕建宋，檀道济以佐命之功改任丹阳尹，护军将军。
永初三年，檀道济又奉命出为镇北将军，南兖州刺史，镇守广陵，监淮南诸军。
刘裕死后，宋少帝即位。檀道济与徐羡之，傅亮，谢晦四人同为顾命大臣。
刘裕临终时告诫过太子提防谢晦，却失算，徐羡之才是幕后主使，而檀道济则是当枪使了。
这也是檀道济为什么会被文帝所杀原因之一。
北魏以宋值新丧大举南进，共出数路，攻略宋地司州全部及青州，豫州大部分地区很快被魏军夺占。
檀道济闻警率军救援，军至彭城，司青二州并告危急。檀道济领兵不多，不足分赴，而青州道近，守军薄弱便统兵兼程往救。
魏军见宋援军将至，撤去青州治所东阳之围。檀道济兵至东阳军粮耗尽，只得停止追击。又见东阳城已残敝不堪，移青州治所于不其城，尔后回军湘陆阻止了魏军南进的势头。
元嘉七年，为解除北魏对宋的威胁，宋文帝命檀道济统军北伐。
宋军前部到彦之进军河南，收复洛阳，虎牢等地。但很快北魏太武帝亲自率军反击，击溃了到彦之等部。
刘宋前线部队一片混乱，很多地方纷纷失守，退驻滑台。
翌年一月，檀道济率师往救滑台，军至寿张遇魏安平公乙旃眷，檀道济领军奋勇前行，大破魏军并乘胜北进。
前后二十余日，连战三十余次，宋军多捷进抵历城。最终因魏军数量众多，滑台失陷，檀道济最终全军而还。
后世地位:公元782年，礼仪使颜真卿向唐德宗建议:
追封古代名将六十四人并为他们设庙享奠，当中就包括宋司空武陵公檀道济。
至公元1123年，宋室依照唐代惯例为古代名将设庙，七十二位名