崇祯初年的几位依附魏忠贤的阁臣黄立极、施凤来等相继被弹劾而去职，朱由检以抽签的方式挑选新阁臣。
崇祯元年（1628年）十一月，刘鸿训因处置兵变令朱由检不满意而去职，老臣韩爌入为首辅，李标、钱龙锡等仍在内阁。
韩爌、李标、钱龙锡均属“东林党”派系的人物，他们积极协助朱由检定“钦定逆案”，恢复天启朝被迫害的东林党人的名誉。
因此他们主持的内阁号称“东林内阁”，从而形成了“东林大盛”的局面。
另一方面，朱由检亦留下礼部尚书温体仁、礼部右侍郎周延儒、吏部尚书王永光、兵部侍郎申用懋等非东林党的官员，以制衡东林党的势力，这四人被东林党称为“四凶”。
在朝堂之外，崇祯初年最大的难题是收复被后金占据的辽东。
朱由检将这一重任交给了曾在天启末年相继取得宁远大捷和宁锦大捷的原任辽东巡抚袁崇焕。
袁崇焕此前因私下议和与不救锦州而被弹劾，不得已辞职返乡。
天启七年（1627年）十一月十九日，朱由检就起用袁崇焕为都察院左都御史、管兵部添设右侍郎事。
崇祯元年（1628年）四月初三日，朱由检以袁崇焕取代王之臣，任兵部尚书兼右副都御史、督师蓟、辽、登、莱、天津等处军务。
七月十四日，朱由检在平台当着群臣的面召见袁崇焕，袁崇焕提出了“五年平辽”的目标，并请求朱由检授予他便宜行事之权。
朱由检大喜过望，表示：“五年灭奴，便是方略。朕不吝封侯之赏，卿其努力以解天下倒悬之苦，卿子孙亦受其福。”
钱龙锡等四名阁臣亦称赞袁崇焕是“奇男子”。
随后，袁崇焕又请求吏部和兵部的用人、户部的转饷、工部的制造都要配合自己，也不可听信谗言，朱由检亦一一应允，指示各部尚书配合袁崇焕，允诺不听信任何谗言，又赐给袁崇焕尚方宝剑，随后袁崇焕前往关外前线。
袁崇焕