前往绿岭市的途中，因为火箭队的关系，小智等人落入了海中，火箭队也被皮卡丘的十万伏特打飞。
小智和小胜坐在了乘龙的背上，水箭龟托着小遥与小刚在海里漂流。
小遥抱怨道：“要不是火箭队我们怎么会被爆炸的反作用力打到海里！小智现在怎么办啊！”
小智道：“只能让找找路希望能到附近的岛上，再想办法了。乘龙走吧！”
这时，海面不平静起来，巨大的浪朝小智他们袭来，脚下似乎踩到了什么实体的东西，一行人被托起到了海面上。众人这才发现踩在了一艘红色的潜水艇上，小智将乘龙和水箭龟收回精灵球。
小遥兴奋道：“看样子我们得救了！是潜水艇哎！”
小刚道：“说不定能让潜水艇里的人把我们带到附近的小岛上。”
小智阻止道：“先等等，这红色的潜水艇，还有这标志，是火岩队的潜水艇。”
“什么？”小刚三人震惊之余，看了看标志，还真的是。
小智带着三人藏了起来，他们的视线正好能看到火村。火村拿着望远镜问手下道：“声纳没有任何反应是吗？”
火岩队队员道：“是的，似乎并不在这片海域。”
火村将手里的望远镜交给手下，道：“我知道了！”
小遥低声道：“还真是火岩队！”
小刚苦笑道：“我们的运气真的太好了，这样的都能遇到火岩队。”
小胜道：“你们看，好像是火岩队的秘密基地。”
海面上一座耀眼的红色建筑，出现在小智等人面前。
小刚道：“这样我们迟早被发现！”
小智道：“也没有地方躲了，发现就被发现吧！我们又不是没有一战的能力，逃跑也是没问题的。”
想到小智拥有的神兽，三人也似是找到了点心理安慰，也变得从容了起来。
潜水艇进入了火岩队的秘密基地，潜水艇停下后，火村道：“报告老大，第三行动队的巡逻任务