?中平元年，公元184年七月末，周琛带领新征募的一万兵员，与马均等人回到顿丘大营。与此同时，汉朝与黄巾军之间的战斗，也进入了第二阶段，兖州、冀州、荆州三大战场的形势也有了变化。
兖州东郡一线，皇甫嵩得到马均相助，用其改良的攻城冲车，三日就攻破了黄巾军在顿丘、卫国两县的坚固城防，顺利夺取两城。东郡黄巾军渠帅卜己兵败东逃，至苍亭才收住阵脚。八月初，皇甫嵩率大军追至苍亭，大败并生擒卜己，斩杀七千多人。至此，兖州黄巾军主力覆灭。皇甫嵩大军遂驻扎苍亭，一面出兵清剿兖州各地黄巾军残部，一面让士兵轮流休整，等候朝廷旨意。
冀州巨鹿一线，五月至八月间，卢植数战大破张角，斩杀万余人。张角撤往广宗固守不战。卢植遂建筑拦挡、挖掘壕沟，制造云梯，围攻三月，将可攻下城池之时，灵帝派左丰视察军情，左丰索贿，卢植以军粮装备尚缺，何来钱财供奉天使，拒绝左丰。左丰挟恨回奏朝廷，说卢植高垒不战，惰慢军心，心怀不轨。灵帝震怒，遂遣东中郎将董卓代将植兵，取植回京问罪。
荆州南阳一线，六月，南阳太守秦颉斩杀张曼成。黄巾军改以赵弘为帅，以十多万人，挟渠帅身死之恨，击败秦颉，并占据宛城。时朱隽率军到达南阳，遂与荆州刺史徐璆及秦颉共一万八千兵围攻赵弘。六月至八月，两月也未能攻克。京师有奏议徵朱隽回京问罪，幸而司空张温上表说情，灵帝才暂免朱隽之罪，令其火速取胜。朱隽迫于压力，急攻赵弘，赵弘被杀，黄巾军则由韩忠为帅，继续与朱隽作战。朱隽兵少不敌，遂扩大防围、建筑阵垒，堆砌土山观望城内，鸣鼓以攻打西南，朱隽则亲率五千精兵掩杀东北，偷袭黄巾军后方，遂攻入城池，韩忠只好退保内城，两军再次形成对峙。
与冀州广宗、荆州南阳胶着激烈的战局相比，东郡苍亭的皇甫嵩大营，平静舒服的让人嫉妒。皇甫嵩只派出几部精兵清剿兖州境内的黄巾残余，其他各部则都在大营休整。
周琛所部新兵未形