大军迟迟没有动作，表面上看是因为作战计划的重大改变，以及朝廷征收剿饷等等因素，其实真实的原因一直都在兵部左侍郎陈新甲的内心，抵达湖广武昌府之后，陈新甲采取了一系列的办法，基本掌控了剿灭流寇的指挥权，五省总督孙传庭尽管内心不舒服，但胳膊扭不过大腿，也只能够任命，加之在这段时间之内，陈新甲与内阁大臣、兵部尚书杨嗣昌之间的联系非常的频繁，两人各方面观点的认识渐渐趋于一致，这远不是孙传庭能够比拟的。
陈新甲不笨，有着一定的能力，他很清楚皇上要求两面出击剿灭流寇的决定，是不符合实际情况的，若是按照这样的方式去剿灭流寇，很有可能导致不可预见的结局，要知道李自成和张献忠已经变得很是强悍，朝廷大军只能够采取打击一路、稳住一路的做法，才能够达到削弱流寇的力量、最终剿灭的目的，这就好比是小孩子走路，刚刚在地上爬的时候，你可不能够要求他跑步甚至是下海游泳。
孙传庭提出来的作战计划，陈新甲经过了仔细的研究，结合他到湖广看到的实际情况，认为的确是可行的，但认同孙传庭的作战计划，也是不行的，毕竟皇上有圣旨，已经否定了孙传庭提出来的作战计划，如此的情况之下，陈新甲就需要找到变通的路子。
他曾经提出来兵分两路打击李自成和张献忠两路流寇的作战计划，甚至如何的排兵布阵都做好了，但结合实际情况，他彻底否定了自己思考出来的计划，他认为孙传庭麾下的近十万大军是不能够兵分两路的，必须要集中起来，打击李自成或者张献忠任何的一路流寇，且其他协助作战的卫所大军，必须要阻止两路流寇的联合。
朝廷征收到的剿饷，源源不断的拨付到湖广。大军的粮草得到了充足的保证，已经没有任何理由不出击了。
时间到了八月下旬，陈新甲找到孙传庭商议，透露出来改变原来作战计划的意思。
经过了几次的商议和思索。两人的意见慢慢趋向一致，总体的作战计划终于确定下来了。