崇祯十二年九月初五，皇上下旨，太子太保、户部尚书、右都御史、漕运总督郑勋睿，出任南京兵部尚书，不再担任户部尚书和漕运总督的职务，礼部右侍郎甘学阔出任户部尚书、左副都御使、漕运总督，原南京兵部尚书刘宗周，出任礼部左侍郎、右都御史。
这道圣旨突然也不突然。
说是突然，是因为九月初五上午的早朝之后，圣旨迅速就下来了，而且在早朝的时候，内阁所有大臣，以及六部尚书、左右都御史全部都是支持的，包括左都御史杨廷枢，都表态支持这样的调整，说不突然，其实有关调整郑勋睿职位的传闻，早就出来了，朝廷文武大臣都是知晓的，只是不清楚具体会如何的调整。
郑勋睿出任南京兵部尚书，从表面上看，好像是得到了提拔和重用，南京兵部尚书，其实就是代表皇上负责陪都以及南直隶的所有事宜，要知道南直隶的税收，直接归南京的户部掌管，用于南直隶的所有开销，这一项的权力就很大了，不过知道其中实情的人，是不会有这等看法的。
南京可谓是东林党人的大本营之一，郑勋睿与东林党人是对头，到了南京之后，不一定能够施展手脚，再说南京兵部尚书受到的局限也是颇多的，南京的镇守太监和守备勋臣，实际上控制南京京营，特别是镇守太监，其实就是南京京营的监军，兵部尚书想要调遣军队，必须要经过镇守太监的同意。
郑勋睿在漕运总督的职位上面，做的风生水起，可谓是实际控制了淮北各地，就连原南京兵部尚书刘宗周。基本都无法插手淮北的事宜。
更加关键的是继任漕运总督的是甘学阔。
众人都知道甘学阔是东林党人，皇上如此的调整，太有深意了。
圣旨下来之后，到处都是议论纷纷的。
皇上还有口谕，郑勋睿不必到京城谢恩，直接到南京上任。
这等于是催促郑勋睿尽早到南京去上任。不要在淮安耽误时间，既然不用到京城来谢恩，那就不用什么筹备，一旦圣旨到了淮安，接到