剿灭流寇的战斗，按照郑勋睿的布置展开了，与其说是朝廷大军打击流寇，还不如说是维持四川各地的稳定，流寇已经被压缩在四川的夔州府和重庆府之间的山区，活动的空间不大，秦良玉麾下的白杆兵，主要是在忠州一带防御流寇，兼顾顺庆府，郑家军主要是在夔州一带防御流寇，湖广巡抚则是在四川和湖广交接的诸多地方部署好警戒。
应该说这个安排，将流寇压缩在狭小的范围之内，东南西北四个方向都被封堵，想要大规模的撤离，难度是非常之大的，加之这次负责堵截流寇的分别是郑家军天雄军和白杆兵，战斗力都是不弱的，流寇遇见之后，占不到任何的便宜。
流寇被压缩在云阳万县以及梁山一带狭长的区域内，朝廷大军并没有下狠手围剿，只是在外围制造一些声势，真正的进攻很少，唯一承担进攻任务的是白杆兵，也因为承担了兼顾顺庆府的职责，不可能抽调很多的兵力进攻流寇。
秦良玉和马祥麟等人不是很明白郑勋睿的作战部署，不过命令必须要执行，这对于习惯于猛冲猛打的秦良玉等人来说，还是有些难受和想不通的。
郑勋睿不会改变自身的意见，他暂时不会对李自成和张献忠大规模的动手，他在等着流寇的内讧，等着李自成和张献忠之间的冲突，若是朝廷大军加紧进攻流寇，李自成和张献忠在巨大的危险面前，怕是会紧紧抱成一团，迸发出来不一般的战斗。可是朝廷大军的进攻一旦放缓了，流寇暂时感觉不到危险，那么内部事物就上升至第一位了。
郑勋睿也和苏从军专门交谈过，苏从军以前在闯王高迎祥的麾下，对李自成和张献忠等人都是了解的。他也同意郑勋睿的分析，认为李自成和张献忠两人都有霸气，相互之间是不会服气的，加之能够起到协调作用的老回回已经被斩杀，李自成和张献忠之间的矛盾是肯定会爆发的，等到那个时候。大军再行围剿，会取得重大胜利。
还有一点郑勋睿也是有信心的，那就是云阳万县和梁山一带，山大人稀，住户本就不多。粮草有限