《超神学院》虽然有着重度科学幻想的元素，但是，仍然坚持以霍金宇宙为纲，也就是目前人类认知的宇宙观为主，而不介入其他科幻作品的世界观，比如多维世界等。
也就是说，时间线是不可逆的，主生物文明皆生活在同一个维度。而宇宙则被视为一个巨大的星系树，树状结构下，各个文明坐落在不同的星系。
主生物文明：
也就是在同一个维度互相认知理解的文明，地球属于主生物文明。
在这个层面上，设定了最高阶层的文明为个：神河文明、天使文明、和暗世界。
在这个设定上，最高文明可以跨越巨大星系，并对整个宇宙星系树有非常直观的掌握，可以通过最高科技互相穿越；拥有最高的永恒能源系统，即恒星能源，以及诸多如反物质能源、暗能量等，并且开启了生命的永恒时代。显然，单纯的星球、行星，已经无法捆绑这样的文明，他们的生活方式以及存在方式，都属于星云级别。
也就是说，他们的世界属于：神河星云、天使星云、黑暗星云。
此后，天使星云的高阶天使莫甘娜叛逃，并建立了与天使星云相当的恶魔星云。
次生物文明：
未被主生物定义甚至发现的未知领域。
无论主生物文明如何发展，始终会遇到更强大的不可抗力；在主生物科技下，无法逾越。简单的说，宇宙容不下最高智慧。智慧突破不了宇宙，便无法理解。他们将其定义为终极恐惧，也就是智慧无法逾越的障碍。
天使文明的神权主义：
每一个文明都会经历无数次灾难，从陨石落地，到火山爆发，到战争瘟疫，接着迎来了核科技、核战、生化战、人文衰退、行星陨落，
太阳枯竭、超新星爆发等等。终有一个文明能支撑到最后，他们生活在恒星遗迹，宇宙星云中。
当文明的最终形态下，高等生命的数量已经非常稀少，而资源高度集中；以至于最后，资源集中得最多的那位，被选举为文明