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是谁最先使得其蒙受如此大劫的呢？就是那个自称是父亲朱元璋最为喜欢的儿子的朱棣。朱元璋刚死不久，朱棣发动靖难之役，将亲侄子朱允炆赶下皇位。然而，虽说他在南京登了基，可他呆得很不舒服，再加上其他一些原因，朱棣着手迁都。
迁都就迁吧，朱棣也真想得出，他不仅克隆了南京皇宫的建筑设计格局，还对它进行大拆卸。按理说，北京周围到处都是山，营造皇宫需要的巨型石料最便捷的途径就是就地取材，但也不知出于何种真实的想法，朱棣竟将建造南京明皇宫的巨型石材拆卸下来，劳师动众地运往北京。
经过这么一番折腾，明故宫就显得凌乱不堪。虽然在以后的明朝，南京还是陪都，但今非昔比了，皇家不在这里，皇宫无人精心看管，中期前后发生了大火灾，前朝三大殿、内花园等先后遭毁。只是一些大宫殿，譬如乾清宫、坤宁宫等后廷三宫及文华殿、武英殿等还没有被毁。
明末清初，清军铁骑疾风般地南下，占领了明朝的陪都南京后，在午门前筑起八旗兵驻防城，把将军、都统二署设在明故宫。这些大兵们在这里爱怎么折腾就怎么折腾，反正这是他们的营地，“外人”无法问及。也不敢问及。
等到清末太平天国运动爆发，太平军与驻扎在明故宫的清军进行了激烈的战斗，昔日皇宫成为战场，明故宫遭受的第三场浩劫开始了。
太平军占领南京后。为了修建天王府以及其他诸王的府第，他们就到明故宫去就地取材，见什么拿什么，能拆得动的，能搬得动的，全部搬走。而明故宫在历经这三次大