夏季台湾地区高温多雨，在偏南风向下，风速和缓顺畅，利于舟师渡海。乘南风风轻浪平之利，六七月间是进兵的好时机。
郑经准备已毕，亲率五军都督周全斌、侍卫冯锡范、咨议参军陈永华进兵台湾。而郑泰则坐镇厦门，以防万一。
而明军在闽省稳步推进，连新兵带降兵，已经拥有六万之众，还有数万义勇乡民之助，开始了对福州外围的攻打。
七月初五，攻克福清；七月初七，光复永泰；七月初八，闽清投降，明军不战而取。至此，明军完成了由南至西对福州的半包围，只给耿精忠留下了北逃浙江的一条路。
七月初二，邓耀和杨彥迪合兵一处，先袭台州，然后突然北上长江口，于七月初八杀入黄浦港，进抵上海县，县令吓瘫于地。城中百姓喧传“王者已至”，有执梃而阻遏官府者，有包戴网巾者，有讹言惑众者，有恐喝官府者。清江宁巡抚周国佐火速领兵来援，却于青浦遭到六千多装备精良的明军陆战队伏击，五千清兵几乎全军覆灭，周国佐亦被斩于阵中。
七月初十，明军挟大胜之威攻击上海县城，县城衙役持刀向知县项下，挟持县令开城出降。明军在上海县城休整两日后，又抵江北崇明岛，崇明城中的清军兵力有限，不敢出战，任由明军占领崇明产米之乡——平洋山前东、西阜沙。
七月初三，长江水师进抵九江。清军南湖营水兵只有数百，不敢迎战，避而躲之。鄱阳湖穷苦渔民毛二半趁机鼓噪起事，聚众数千乘船冲破南湖嘴巡检司，进入长江投奔明军。长江水师得渔民指引。派战船十二艘，士兵千人，进入鄱阳湖，迫降南湖营水兵。然后轻取湖区的都昌县。劫掠府库后方驾船而回。
“海邑人民听其愚惑，皆乐贼来。全无一人守城，却有竟欲开门揖盗者。”
“海贼来去如风，江船被焚，岸市被掠。而财赋之区奚容致此，是防严未密，申饬不切耳。”
“但闻贼至，百姓欣欣向荣，胥役人等亦公然包网。民心若是，内变堪虞。”