各司除掌核本省钱粮外，亦兼管其他衙门的部分庶务，职责多有交叉。除以上各司外，还设有掌管八旗事务的八旗俸饷处及现审处。隶於户部的机构有:掌铸钱的钱法堂及宝泉局；掌库藏的户部三库；掌仓储及漕务的仓场衙门。
礼部掌典礼事务与学校、科举之事。考吉、嘉、军、宾、凶五礼之用；管理全国学校事务及科举考试及藩属和外国之往来事。礼部下设四司，仪制清吏司，掌嘉礼、军礼及管理学务、科举考试事；祠祭清吏司，掌吉礼、凶礼事务；主客清吏司，掌宾礼及接待外宾事务；精膳清吏司，掌筵飨廪饩牲牢事务。四司之外，设有铸印局，掌铸造皇帝宝印及内外官员印信。会同四译馆，掌接待各藩属、外国贡使及翻译等事。
兵部掌全国军卫、武官选授、简练之政令。掌全国兵籍及武职官员的机构。职掌内外武职官员的除授、封荫之典，乘载、邮传之制，甄核、简练之方，士籍、军实之数。兵部下设四司：武选清吏司，考核武职官员的品级与选补、升调、承袭、封赠诸事，并管理土司；车驾清吏司，掌全国马政及驿传等事；职方清吏司，掌武职官员的叙功、核过、抚恤、军旅之简阅、考察、巡防等事，并管理关禁与海禁；武库清吏司，掌全国之兵籍、军器并武科考试之事。此外，设稽俸厅，掌稽察武职官俸；会同馆，管理京师驿传事务；捷报处，掌递送文书。
刑部为主管全国刑罚政令及审核刑名的机构，与督察院管稽察、大理寺掌重大案件的最后审理和复核，共为“三法司制”。刑部的具体职掌是：审定各种法律，复核各地送部的刑名案件，审理“监候”的死刑、案件以及直接审理京畿地区的待罪以上案件。
工部为管理全国工程事务的机关。职掌土木兴建之制，器物利用之式，渠堰疏降之法，陵寝供亿之典。凡全国之土木、水利工程，机器制造工程(包括军器、军火、军用器物等)，矿冶、纺织等官办工业无不综理，并主管一部分金融货币和统一度量衡。工部下设四司：营缮清吏司，掌宫室官衙营造修缮；虞衡清