东方玉和设计师这边的事情暂且不论，趁着东方玉进入了设计师所在的源头，正在和设计师谈话的时候，也是国家机器的力量和母体之间相互对立纠缠住了的时候，尼奥等人已经成功的冲到了墨菲斯被关押的地方了，开始想办法智取，将墨菲斯救出来。
这个时候，母体的注意力，几乎都被东方玉和国家机器的力量所吸引了，所以对尼奥等人来说，这绝对是救下墨菲斯千载难逢的机会。
不过，那个留下来的特工史密斯，显然也不是善茬，亦或者说他也存在着其他的秘密，所以相对于别的电脑特工，他在墨菲斯身上花的心思更多。
虽然尼奥等人已经是尽量的想办法智取了，不过，他们的计划却还是被史密斯所识破了，到了最后，依旧是演变成了电脑特工和尼奥等人之间的战斗。
黑客帝国的位面，人类和机器人之间的战斗，最根本的原因还在于一点，那就是拥有了追求和欲·望的人工智能，便相当于完整的灵魂了，所以，这个位面的人类和机器人才会出现战争，而史密斯，同样如此。
不同于其他的电脑特工，史密斯的追求就是自由，他早已厌倦了在母体的作用下四处奔命的生活了，同样的，这矩阵的虚拟世界，在史密斯看来简直就像是一座监狱，所以史密斯也有自己的小心思，那就是获得锡安的密码，然后脱离母体的掌控，甚至离开矩阵这个虚拟的是世界。
言归正传，当史密斯识破了尼奥等人的计谋之后，试问将墨菲斯脑海中锡安的密码视作自己通往自由的钥匙的史密斯，又如何会轻易的让他们逃离呢？
所以，一场大战是在所难免了。
虽然史密斯只有独自一人，但是电脑特工的程式，不管是在力量还是敏捷，甚至是很多的方面都是凌驾于人类之上的，甚至是以史密斯的速度，连子弹都能够躲开，试问这些人又如何会是他的对手？
尼奥等人救下了墨菲斯，正准备暗中逃跑，但是史密斯反应过来，已经追上了他们了，拳脚之间