，同时又面临着新兴的女真族的威胁。
因此，他对外采取联明抗金的方针，对内则谋求控制蒙古其他部落，优先进行对蒙古的统一，避免与后金正面交锋。
年，林丹汗西迁，平定右翼诸部。年，后金汗皇太极讨伐林丹汗，林丹汗远遁青海。
4年，林丹汗因天花死于青海大草滩，终年四十三岁。
其子额哲于翌年投降后金，蒙古帝国灭亡。
林丹汗继位时，蒙古汗权不振已经很久了。
漠南的科尔沁、内喀尔喀、土默特、鄂尔多斯诸部各自为政。
蒙古大汗只能支配辽河套的察哈尔部，仅被漠南诸部奉为名义上的共主。
漠北的外喀尔喀更不承认蒙古大汗为共主，而漠西卫拉特仍然与蒙古帝国为敌。
另一方面，东方的女真族正在努尔哈赤的领导下逐渐走上统一与强盛之路。
因此，林丹汗早年的处境非常艰难。
林丹汗即位年后，其威望与实力逐渐攀升。
年，林丹汗率军万入侵明朝，但是效果并不如怎么如人意。
后几年他又亲率数万军队三次入侵明朝边境。
后来女真一族逐渐强大，林丹汗明白不应该在与大明为敌。
就将之前所掠夺的人口还给了大明，并派使臣主动与明朝建立边贸，双方加强了贸易的往来。
后来的林丹汗却昏招尽出，给了后金很多次崛起的机会。
首先是信教问题。
林丹汗之前是信黄教的，不知道犯了哪个筋，突然命令蒙古各部由信仰黄教，改信红教。
信仰的更改可不是小事情，让蒙古各部从贵族到平民都极度的抵制，从而加深了各部之间的矛盾，这是后金的第一次崛起的机会。
万历四十七年，后金努尔哈赤攻明，作为大明的盟友，内喀尔喀五部中在宰赛率万人援助明军。
宰赛不幸被俘，林丹汗仅派炒花率两千人营