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对于叶向高的动向和行为，沈一贯心里也有些生气。
心想你不就是一个小小右侍郎么？至于这样反反复复搞揭发递刁状吗？
所谓的妖书案发生之后，牵连朝中众多大臣，其中许多人是清白的。叶向高得知这一消息就写信给承办案件的内阁首辅沈一贯，请他尽力劝阻皇上不要株连无辜。
不想沈一贯得信后心里很是不高兴。他这是公开向自已叫板，不相信自已的办案能力和眼光。想来思去，沈一贯决定要给这个不知天高地厚的年轻人一点眼色看看。到了人事安排调动的时候，沈一贯就一直没有过问叶向高的任期，就这么一直让他在南京待了下去，既不升降也不迁调。直到沈一贯罢官之后，那个神宗皇帝才想起南京还有个叶向高，于是一书诏令下到南京把叶向高召了回去。
到北京的第二天，叶向高就拜访内阁大臣朱庚。此时的内阁只有他一人主持工作，看到叶向高朱庚心里万分高兴，身边终于可以有人辅助工作了。他找到神宗皇帝说了自已的想法，正在榻上吸白粉的神宗皇帝身子很是虚弱有气无力的一边搂着郑贵妃一边吐着烟雾道：
“这事你自已看着办吧？内阁缺什么人你自已安排好了，那个叶向高确实不错，在南京受了那么多委屈朕都感到不好意思。你把他叫到京城，想给安排个什么官位啊？”朱庚道：“启奏陛下，叶向高为人正直敢于谏言，他得罪了不少人，尤其是前首辅沈一贯对他颇有微词。叶向高在南京的时候写了几封谏书都被他扣压没有呈到皇上这里。”神宗眉头一皱眉：
“什么？他沈一贯竟然敢私自扣押写给朕的谏信，真是岂有此理，我说呢？这么多年都没有见到叶向高写给朕的奏章了？他沈一贯这样做不是欺君犯上吗？”朱庚道：
“陛下真的把向高给冤枉死了呀？他不是没有作为。而是一直没有机会。”神宗笑了笑放下手里的烟袋坐正身子：“把他调到内阁协助你工作。”朱庚赶快谢过神宗皇帝：“陛下，臣告退，这就回府作个安排。”看