数码兽之间的进化千姿百态，根据自身所蕴含的数码因子，可以进化出最适应自身环境需要的形态。
这样的形态被称为亚种进化形态，是除了原始进化形态路线的又一众进化路线。
例如滚球兽除了自然成长进化的亚古兽外，受到自身环境的影响，优先激活的体内数码基因形态也会不同，可能进化成各种强弱不一的亚种，如玩具城的玩具亚古兽、冰雪高原的冰亚古兽、黑暗之地的黑亚古兽等等。
一旦进化成亚种后，对应的自然是亚种的进化形态（体内没有相应的数码基因的除外）。
但是一旦进化成亚种后，虽然会变得比原始进化形态要强，但是也相应的受到不小的限制，如冰亚古兽在火山地带、沙漠地带会战斗力大减，黑亚古兽会被疫苗种克制等等。
而且进化路线也会随之发生一定的改变，而且亚种的进化种类会比较多变。
例如原始进化形态为：滚球兽-亚古兽-暴龙兽-机械暴龙兽-战斗暴龙兽！
而亚种的进化路线则是：滚球兽-玩具亚古兽-奥米卡兽/坦克兽-铁面兽/南瓜兽/坦克龙兽-狱门兽/高贵南瓜兽/暗龙兽！
（这一点文中已经解释和体现过了，如恶魔兽转移进化的冰恶魔兽，冰恶魔兽再进化就不是进化成本该进化出的吸血魔兽，而是丧尸撒旦兽一样。）
亚种和原始形态相比起来，官方资料设定的是亚种比较强一些（单纯和同一进化种比，例如亚古兽和黑亚古兽）。
但是亚种比较容易被克制，所以真心比起来，没有所谓的最强和最弱，所以不要纠结原始形态和亚种谁厉害的问题。
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另外就是关于皇者数码兽的问题。
皇者数码兽并非是动漫或者剧场版出现的，而是在官方资料库中体现出的概念，这一点在游戏上被应用的十四分的多（都是同一家公司设定的概念，真心没必要纠结动漫有没有的问题。）
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