等到明万历三十二（1604）年，蒙古末代大汗林丹汗继位时，漠北蒙古（外喀尔喀部）根本不承认其大汗的地位，漠南蒙古中的科尔沁、内喀尔喀、土默特、鄂尔多斯诸部各自为政。身为大汗的林丹汗只能控制辽河流域的察哈尔部，因为察哈尔王统的余威，算是勉强被大多数部落遥尊为共主。
但这显然满足不了林丹汗的雄心，他梦想着恢复祖上的荣光，开始强力打压、收拢各部落。“南朝只一大明皇帝，北边只我一人，何得处处成王？我当先处内，后处外”。
而后金的努尔哈赤发现了蒙古各部离散的现状和倾向。“蒙古之人，犹此云然，云合则致雨，蒙古部落合则成兵，其散犹云收雨止也。俟其散时，我当而躡取之。”
而且搞定蒙古也是南下攻明的必然举措之一。至少，在名义上蒙古各部还是大明的盟友，虽然是花钱买来的盟友。
对于人口、兵力有限的后金来说，如果倾全力南下，万一蒙古人在侧后偷袭，则首都腹地不保。因此，女真人挖蒙古人墙角的事从来就没停过，在努尔哈赤分裂国家、建金称汗前，科尔沁、内喀尔喀等部便与建州达成了联姻关系。
而林丹汗却始终处理不好察哈尔部和漠南蒙古各部的关系。而且在这段时间里，蒙古各部在明朝“市赏”下，经常以明朝盟友与后金进行小规模的战争，但结果几乎都是蒙古大败。
年轻的林丹汗，一方面在内部为恢复蒙古“共主”的地位而努力，另一方面则在外交上对明朝展开攻势。1615年，林丹汗开始进攻明朝，以兵挟赏，虽然被大明的军队打退，完全没有任何收获。但此举却成功的改变了他在明朝大臣心中“懦弱未威”的形象。明朝发现，新兴的林丹汗可以成为与后金抗衡的重要筹码，于是采取中原王朝两千多年来屡试不爽的“以夷制夷”之策，用大量的赏赐拉拢林丹汗，试图借助林丹汗武力与后金抗衡。林丹汗则利用明朝心理，不断索取大量赏赐。
明、后金与蒙古各部就这样在东北亚这片土地上合纵连横。