南；而云南兵又出平贵州之苗。回众一时纷纷而起，遂至不能平定。其中著名的回酋，要推占据大理的杜文秀、曲靖的马连升为最。又有马德升，盘踞省城之中。内结各营将校，外结黔西苗民，巡抚徐之铭，为其所挟制。之铭不得已，反挟回人以自重，朝廷也无可如何他。公元1863年，朝廷派潘铎署理总督，为回兵所害。这时候，滇局几于不可收拾。后来代理布政使岑毓英，看破回酋马如龙，知道他和其余诸回酋，是不和的（先是杜文秀起兵时，专靠回教徒马先，替他主持军谋。后来文秀又和马先不和。公元1859年，文秀叫马先带兵去攻击省城，马先就投降官军。这时候，云贵总督是张亮基，受了他的降，又用他的族人马如龙做总兵）。一意抚慰他，和他协力。先定省城，次克曲靖，斩马连升。公元1872年，进攻大理，杜文秀服毒自杀。1860年，才算把云南打定。
这一次的回事，蔓延的区域极广，声势也很浩大。虽然幸而平定，而因此引起俄法的交涉，就弄出无限的纠葛。其事都详见下章。