平军中，杨秀清死后，李秀成是个后起之秀，居中调度）。先分兵攻闽、浙，以分官军的兵力。公元1859年三月，并力攻破江南大营。苏、松、常、太皆陷（和春、张国梁，先后都死）。于是官军进取之势，又一顿挫。
诏以曾国藩为两江总督。时国藩方围安庆，以兵事属其弟国荃，自己驻兵祁门，太平军围而攻之，形势甚为紧急。公元1861年十一月，胡林翼命曾国荃攻破安庆，官军的形势，才复有转机。于是曾国藩分兵：命左宗棠、鲍超肃清江西，多隆阿攻安庆以北，曾国荃平定沿江要隘。公元1862年（穆宗同治元年），多隆阿陷庐州，陈玉成走死。五月，曾国荃以兵二万，深入围金陵（彭玉麟带着长江水师，做他的后援）。李秀成见事急，南攻杭州，以图牵制。国藩乃荐左宗棠巡抚浙江，沈葆桢巡抚江西，带李鸿章自往淮、徐募兵，以攻苏、松。八月，江宁大疫，曾国荃的兵，罹病的很多。李秀成等猛攻之，一连四十六日，竟不能破。于是官军的气焰益张，太平军无可挽回了。1863年四月，国藩攻破雨花台、九袱州。十月，城外要隘略尽。李秀成入城死守。公元1864年三月，诸军遂合围。六月，城破。洪秀全先已服毒而死。秀全的儿子福瑱，逃到江西，为官军所执。其石达开一股，从和洪秀全分离后，从江西入湖南，又入广西，攻击湖广交界。公元1861年，入四川。1862年，为总督骆秉章所擒。其余太平军的余党，有分扰各处的，也旋即平定。
太平军初起时，以区区岭南的穷民，乘间北出，不一年而攻取江宁，震动全国；后来兵锋所至，几及了一十六省（除陕甘二省），攻破了六百多城，其中不可谓无才。他初起的时候，发布“奉天讨胡”的檄文，也总应当得几分汉人的同情。又这时候，外人方厌恶满洲政府的顽固，对于太平军，也颇有表同情的。太平军要想成功，实在不是没有机会。但是当时民族的自觉，势力颇小。而君臣之义，却颇有势力（曾国藩生平，带这种色彩，颇为浓厚。他所作《陈岱云妻墓志铭》说：“民