，并奏请永历帝下旨让郑成功出兵。永历帝遣使至厦门，加封郑成功为招讨大将军，封张煌言为东阁大学士兼兵部尚书，并令出兵牵制清军。
张煌言接旨后，急忙驰书郑成功，请他出兵北上长江，攻打南京。郑成功与诸将商议北征之事，诸将大多反对。陈永华坚定地说道：“攻取南京，则金、厦两岛自然安全。若是按兵不动，苟且偷安，军队将会尽失锐气，灾祸亦会不远。”
郑成功颇有同感，赞道：“明甫所言正合我意。清虏时刻窥视金、厦两岛，欲置我于死地。本藩要亲领大军北伐，直捣南京。”乃力排众议，决定出兵北伐。派陈永华留守厦门，辅佐世子郑经，嘱咐郑经道：“我留下陈永华辅佐你，你要把他当成老师事之。”
五月十三日，郑成功在厦门誓师北征，总兵力十七万。大军到达浙江东部沿海后，攻克乐清等县，兵锋所至，势如破竹。附近清军或望风而逃，或投降郑军。张煌言率军与郑成功会师，进抵舟山，等候风讯。
八月，郑成功率军扬帆北上，可是在羊山遇到暴风，损失战船百余艘，将士八千余人落水身亡，郑成功的幼子亦溺死。将士们士气低落，无意北伐。郑成功只好率军撤回厦门，整顿军队，修补建造战船，筹集粮饷。张煌言率军驻扎林门，招兵造舟，以备来年配合郑成功再度北征。
十一月，清军兵分三路进攻云南，北路由吴三桂统率进攻毕节、七星关入滇，中路由多尼统率进攻安顺、普安入滇，南路由卓布泰统率进攻安隆、黄草坝入滇。前往阻击吴三桂的白文选部在七星关失利，前往阻击多尼的冯双礼部也在鸡公背败退。李定国率军在凉水井、双河口连打胜仗，但是孙可望扈卫康国臣充当清军前导，造成作战失利，精锐损失惨重，率军于十二月十三日退回昆明。
云南各处明军皆败，清军直接插向昆明。永历帝急忙召集文武大臣商议应敌之策。讲官刘范主张进入四川北部，依靠夔东十三家明军，经营陕洛地区。李定国提出避敌锋芒，先撤往四川建昌，积蓄力量，再图恢复