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鲁王在舟山安定后，便着手整顿朝政，封赏文武诸臣，部署抗清事宜。以阮进、王朝先等部驻守舟山，以张名振率军屯兵南田，以王翊所部驻扎四明山，还有温州、处州等地义师遥相呼应。张煌言被封为兵部右侍郎，协理兵事，掌管武官选用和军械、军令等军政事务。在张煌言的运筹调度下，浙东各派抗清武装紧密配合，牵制了东南地区的清军兵力，减轻了福建沿海抗清武装的压力。
转眼到了鲁王监国五年，亦是永历四年，大清朝廷称为顺治七年。六月间，舟山明军登岸袭击清军，大获全胜。而王翊则在四明山乘势大起，联合各山寨进攻附近清军，多有斩获。鲁王担心清军报复，令张煌言整顿舟山防务。
这日，葛明陪张煌言登上舟山城墙巡视，只见城墙基座用石条砌筑，内用夯土打实，外用青砖镶砌，宏伟坚固。张煌言道：“万历年间，张可大将军被任命为舟山副总兵，见城墙年久失修，不但无法防御外敌进攻，还挡不住海潮侵蚀，便筹集资金重建城墙。”
葛明赞叹道：“张可大将军重建的城墙坚如磐石，保得舟山数十年平安，即使现今仍然受益。”张煌言严肃地说道：“虽说有坚城可守，主要还是靠将士们用命。浙东抗清形势暂时好转，只因清虏调动主力进攻西南。”
“永历朝廷现况如何？”葛明急忙问道。张煌言忧道：“内有各派争斗，外有清虏咄咄逼人进攻，处境甚是艰难。忠贞营主将李锦、兵部尚书堵胤锡病逝后，大顺军改编的将士备受歧视，不但得不到粮饷，还时常被侵袭。李来亨召集所部数万人，自贵州进入川、鄂边境，联合郝摇旗等抗清武装，组成了夔东十三家军，在兴山县的茅麓山坚持抗清。清虏见明军分裂，便令三路大军征伐永历朝廷。孔有德部已从湖广直奔广西。耿仲明因窝藏逃人自杀，其子耿继茂统领部下，与尚可喜所部攻入广东，于二月包围了广州。永历帝不顾群臣劝阻，逃至广西梧州。”
话音刚落，徐允岩急急走到张煌言面前，禀报道：“张大人