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郑军退守铜山后，士气低落，郑袭、郑赓、杨富等将领相继降清，人心已散，势不能支。康熙三年三月，郑经与洪旭率军东渡，于初十日抵达台湾。郑经继续设六官管理政务，改东都为东宁，升天兴、万年二县为州。在陈永华的辅政下，郑经定制度，抚土民，通商贸，兴学校，进人才，台湾日益强盛。
闽浙沿海岛屿上的明军残部见大势已去，纷纷登陆投降清军。张煌言所部决不受招，继续坚持抗清。浙江总督赵廷臣与提督哈尔库、水师提督张杰定议，分兵三路出海搜剿。康熙三年六月，张煌言所部遭受重创，无力再战，只得退入舟山群岛。
葛明劝道：“张大人，舟山荒凉偏僻，物资匮乏，不若退至台湾。”张煌言坚定地说道：“偷生朝露，宁以一死立信。”坚持留守舟山抗清。此后，清朝除采取武力进剿，还实施禁海策略，把沿海居民尽迁移于内地。舟山明军失去了外援，缺衣少食，伤病也无法医治，士气低落，处境日趋艰难。
这日，众将齐聚中军大帐议事。张煌言向众人深施一礼，将领们大惊，纷纷起身还礼。张煌言眼中充满着泪水，留恋地看着众将，哽咽着说道：“诸位兄弟随我抗清不弃不离，历尽艰辛，苍水深表感谢！”葛明急忙说道：“张大人太客气了！我们都是为了抗清复明大业，即使献出生命，亦是在所不惜!”
张煌言痛苦地闭上眼睛，半响方才睁开，艰难地说道：“满清起自努儿干都司建州卫，本我大明属夷，虽然窃踞中原，夺得江山社稷，终归夷入华夏则为华夏。各地义师尽灭，清虏用儒家文化收买人心，统治已然稳固，百姓渐已接受清朝。我不忍心兄弟们受苦，人民受到战乱伤害，故此请兄弟们散入民间，隐姓埋名，去过平静安逸的生活。”众将闻言如雷贯顶，皆抱头痛哭，实在是不忍心离开。
这时，帐外传来一片哭泣之声，初如蜜蜂嗡鸣，后愈来愈大，震得几案鸣响，情凄意切，令人伤心欲绝。众将大惊，急忙走出中军大帐。只见千余个明军士兵跪在地