撤出台湾后，全岛为之沸腾。各族人民群情激昂，欢歌载舞，庆祝胜利。郑成功喜不自禁，即兴赋诗曰：“开辟荆榛逐荷夷，十年始克复先基。田横尚有三千客，茹苦间关不忍离。”随后改赤嵌城为东都，改热兰遮城为安平镇，在台湾设一府两县。府为承天府，以赤嵌城为府治，县为万年、天兴。两县查验田园册籍，征纳税银，管理地方政务。同时，在澎湖设安抚司，派重兵防守。设置吏、户、礼、兵、刑、工六官，方便施政。
郑成功鼓励百姓垦荒兴农，兴办工商，发展海外贸易，实行轻徭薄赋之政。又亲自率领文武官员拜访土番部落，送去耕牛农具，教耕牛犁耙之法，传授播种五谷割获之方，并免除其徭役。台湾政局稳定下来，郑成功便派船回厦门接运将士家眷迁台。万云龙与其弟子搭船返回长林寺，葛明搭船回到金门。
康熙元年，忽有大批吕宋华人驾船逃奔台湾，诉说西班牙人在马尼拉疯狂屠杀华人。郑成功立即写了封最后通牒的信函，派一名罗马教士作为特使，前往吕宋，递交给当地的西班牙人总督，谴责其屠戮华侨，严令其改邪归正，每年俯首来朝纳贡。但西班牙人不但置之不理，反而变本加厉，又对华侨进行更大规模的屠杀。郑成功闻讯大怒，决定率领舰队南下，挥师讨伐马尼拉，拯救华侨，驱逐西班牙人。##http://13800100.com/Author/89863.Html胭脂有毒的最新小说热门小说网##
在即将出兵之时，接连传来变故，郑成功如遭雷击，征讨马尼拉之事只好作罢。先是留守厦门岛的郑泰、洪旭、黄廷等部将公然抵抗命令，拒不将家眷迁往台湾。接着传来铜山守将蔡禄、郭义投降清军的消息，南澳岛主将陈豹随后亦投降。又收到尚书唐显悦的书信，称其世子郑经与四弟之乳母陈氏私通，生下一子，取名郑克臧。郑成功勃然大怒，命部将赴厦门斩杀郑经，诸将竟然联合抗命。
过了几日，又接连传来噩耗，降将黄梧挖郑氏祖坟；清廷斩杀郑芝龙与其亲族十一人于北京柴市；