用率越来越低的现状，掌管总信息的主系统伊古德拉希尔yggdrasil，即世界树创建了新数码世界，并将一部分选中的数码兽转移过去。对于剩余的数码兽以及旧数码世界，则用“x程序”予以彻底毁灭，称为“方舟计划”。
x程序能够侵染数码兽的心脏“数码核”。但凡被感染的数码兽，死亡率高达98%，然而有2%的个体，产生与现实生物相似的特异性免疫反应，自身制造出“x抗体”从而免于死亡，并设法逃到了新数码世界。世界树命令手下的皇家骑士将之消灭。
就在这个时候有两个人类少年分别进入了新旧世界，并与带有x抗体的两只数码兽成为了伙伴。并与皇家骑士战斗。经过重重困难之后，终于诞生了传说中的王龙，与第十三位皇家骑士，“虚空之位”的主人——阿尔法兽！
最终阿尔法兽手持究极战刃王龙剑打败了世界树制造的爪牙deathx，拯救了世界。但是，阿尔法兽执着于消灭世界树，被奥米加兽x所阻止。世界树也在皇家骑士的压力下终止了“方舟计划”。
这就是史前史了。陆峰合上手中厚重的，将它放入了架。从这段记录中，陆峰看到了浓浓的主角味道。但他并没有关于这段情节的映像，估计要么是自己穿越之前没看过的动画或者游戏，要么就是包括在那些没有出现的“被选召的孩子”中。
在史前史之后，世界树开始整理百废待新的数码世界，它将urd层作为过去的遗迹封存了起来，让它们自由发展，然后开始整顿belldandy层，也就是陆峰现在所在的新世界。虽然新世界是世界树所创造，但它其实并不能掌握新世界的所有的进程。再加上新世界的时间不对称，在新世界的自行衍化稳定的过程中，于新世界的四方分别诞生了四圣兽，还有位于中央的黄龙兽。那个时候世界树正忙于清理旧世界的数码兽呢。
当一切结束之后，世界树回过头来发现新世界竟然已经产生了自己的秩序之时，它犹豫了。有皇家骑士的牵制，它已经无法再做出多少强力