宁卫西北的鞑靼土默特部，肃州卫长城末端的吐鲁番部，以及在大漠内的葱岭叶儿羌部，这三部在大明立国的时候，曾经臣服大明。然而，当改变大明声威的土木堡之变生后，这三部便开始叛乱。到了明万历五年，大明已经失去了对他们的控制。
边疆上，三部经常袭扰大明边疆肃州卫噩耗西宁卫，闹得边疆民不聊生。邓浩楠监国后，解决了最大的北方威胁后，西北威胁便提上日程。由于实行休养生息政策，军户和匠户的世代罔替制度被打破，更多的人开始回家种田当农民。
这样一来，老百姓对于生活有了盼头，秋收来临时便可以大丰收了。这是邓浩楠最希望看到的结果，然而这几个部落同样看到了秋天时的巨大油水，抢劫一番就足够过冬了。
西北刚刚平定几个月，最后一茬秋小麦是西北老百姓的命根子，如果给这些叛军抢了去，那么西北民乱毫无疑问将会再起。
邓浩楠绝对不允许民乱再起，因此已经调集军队向西安集结，准备征服这几个部落，御敌于国门之外。
除了这三个部落外，还有羌族控制的朵甘思宣慰司和乌斯藏宣慰司两个大部落。
这两个部落盘踞在四川上面，控制着整个西藏，背后是莫卧儿帝国。由于他们所在位置居高临下，对大明帝国的安全构成严重威胁。
由于地势关系，明军很难直接从四川、云南北上消灭朵甘思宣慰司和乌斯藏宣慰司的叛乱，因此邓浩楠准备先扫平鞑靼土默特部、吐鲁番部、葱岭叶儿羌部，然后从叶儿羌部进入西藏高原，从背后平定西藏。
这一切将要消耗巨大的人力、物力和财力，总参谋部在兵棋推演上做了初步的军费预算，需要耗费两千万两银子，立时两年才能平定西北。如果想要彻底结束西北乱局，需要在西藏驻军，但补给十分困难。假定在西藏驻军两万人，那么每年军费开支就高达四百万两。
这令邓浩楠很是苦恼，换做以前，他不会在乎这点儿钱的。如今他已经把大明当做他自己的天下了，这钱就不能乱花