（内喀尔喀都托克锡尔呼纳克洪台吉为管理左翼三万户的特命大臣。察哈尔八鄂托克虽属左翼三万户。但直属林丹汗。
林丹汗为了有效地控制蒙古各部和巩固汗权，以察哈尔部为基础，直接控制了内喀尔喀巴林、札鲁特、巴岳特、乌齐叶特、弘吉刺特等五部。同时也遥控了蒙古其他各部。林丹汗执政前期，漠北喀尔喀三汗以及漠南喀喇沁的昆都伦汗、阿鲁科尔沁的车根汗、科尔沁奥巴洪台吉、鄂尔多斯土巴济农等，定期前往察汉浩特，朝见林丹汗，并与大汗共同商讨政务大事，参加大汗举行的宴会、围猎等活动。蒙古各部汗、济农、诺延、台吉，按照图们札萨克图汗**约束诸鄂托克，并定期向林丹汗朝贡献物。
原本一个从新复兴的蒙古，在林丹汗手里可以说得以扬光大。但是，后来林丹大汗以西藏喇嘛沙尔巴呼图克图为国师，改奉红教后，极大地影响了他从前的形象和声誉。信奉黄教的漠北喀尔喀和右翼三万户的各部汗、济农、诺延、台吉，与林丹汗逐渐有所疏远。影响较大的迈达里诺门汗，也与林丹汗生了分歧，久居漠北喀尔喀，已不再同情和支持林丹汗。
不过尽管林丹汗改奉红教后。但他的余威犹在，其统治地位虽然大受影响，但蒙古各部基本上仍听从于他的统一号令。
原本历史上的宁远大战之后。努尔哈赤顺路远征喀尔喀，打败了林丹汗。不过，因为邓浩楠在宁远大战中大败努尔哈赤，加上金州大战的重创，使得后金的对蒙古的影响力急剧下降，也给了林丹汗一个重振蒙古的机会。
年近四十的林丹汗，看到十六岁的辽东经略“李小七”时，感到了惊讶。
“李大人不在辽东，怎么跑来大漠了？”
邸浩楠苦笑了一下，将找他购买战马的事情，连同昨夜遭到查干袭击的事情一股脑的都告诉了他。
林丹汗听到邸浩楠是找他做生意，很是高兴，但是听到查干突然来了。顿时脸色阴郁了起来。…于入人井将那女子交给本汗，系干李大人的购马事情，本明证。此间事