府降广德直隶州；
六年(1373)临濠府更名中立府；七年(1374)中立府更名凤阳府；
十一年(1378)改南京为京师；
十三年(1380)废中书省，中书省直辖府州改为直属六部，仍俗称直隶；
十四年(1381)徐州升为徐州直隶州；湖州府、嘉兴府另属浙江行省；
二十二年(1389)和州、滁州分别升和州直隶州、滁州直隶州；
永乐十九年(1421)改京师为南京，直隶改称南直隶；
洪熙元年(1425)复改南京为京师；
正统六年(1441)复改京师为南京；
万历末年常州府更名尝州府。
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应天府：元为集庆路。龙凤二年(1356)改置应天府，同年属行省；洪武元年(1368)定为南京，十一年(1378)改称京
师；永乐十九年(1421)复称南京，洪熙元年(1425)复称京师，正统六年(1441)又复称南京。
上元县：倚郭[府东北偏]。龙凤二年(1356)徙治淳化镇，三年(1257)复徙治府城。东南有淳化镇巡司。
江宁县：倚郭[府西南偏]。东北有靖安河巡司，西南有大胜关、江宁镇巡司，西有江东巡司。
句容县：
溧阳县：元为溧阳州[无倚郭]。洪武二年(1369)降为溧阳县，仍属应天府。西北有上兴埠巡司，后废。
溧水县：元为溧水州[无倚郭]。洪武二年(1369)降为溧水县，仍属应天府。
高淳县：弘治四年(1491)析溧水县于高淳镇置高淳县，来属应天府。东有广通镇巡司。
江浦县：