怀的居中调和下，翁同龢和李鸿章各退一步，旅顺虽然划归为镇武左军驻地，但北洋水师仍保有旅顺军港的使用权，这才使得李鸿章忍痛割爱。
十月中旬，左宝贵离开京师赴津门上任。石耀川和石云开同左宝贵同至津门后，乘坐渡轮前往旅顺。
十月二十，石耀川一行人抵达旅顺，同先期到达的石昌茂汇合。
石昌茂奉命回老家募兵，一月之内，共募得士兵4000余人，大部分都是山民或者是猎人，有一定的火器使用经验，只要稍加训练，就会成为合格的士兵。
此时的旅顺，尚有大批清军驻防，其中包括黄仕林、张光前率领的庆军8营4000人，姜桂题率领的桂军4营2000人，程允和率领的和字军3营1500人，以及卫汝成率领的成字军5营2500人。再加上营务所所属的道台亲兵，总兵力过万。
当然，按照清军的一贯德行，这总兵力过万只是纸面数字，实际兵力大概有个7.8000就不错了，而且大多都是新招募的士兵，步枪都用不好，更不用说炮台上的火炮，可以说并不具备实际战斗力。
石耀川抵达旅顺后，立即命令驻扎在旅顺炮台群外围的石昌茂率军进入旅顺，和旅顺清军做防务交接。
防务交接进行的很顺利，两日之间，原驻守旅顺的清军部队尽皆撤走，镇武左军进驻旅顺，全面掌控了这座“远东第一要塞”。
接手防务后，石耀川立即下令对旅顺各炮台、仓库、及营地内的军备物资进行盘点，并任命了镇武左军所属各军统领。
镇武左军是在胜军的基础上扩编而成，因此镇武左军的各军统领均有原胜军各营统领提拔就任，唯一特殊的就是原炮营的石云开。
石云开虽然在镇武左军名册，但是并不驻防旅顺，而是要前往金州，接手金州以及大连湾地区防御。
于是在十月底，石云开和盛星怀离开旅顺前往金州，准备走马上任。同行的不仅有新任镇武左军救护营帮办金明山，还有石云开的新婚妻子金惠馨。