就下达了这个命令，但既然有明确命令，早已心痒痒的各舰立即遵令执行，在总旗舰武藏号带领下以25节的速度朝蒙巴萨扑去。
由于周围300公里的侦查都没有发现敌舰队，因此机动舰队准备的第二攻击波主目标依然是港口，为加强舰队防御，高达54架战斗机被留下来掩护——反正蒙巴萨方向的战斗机和机场基本都被清空了，轴心联合舰队拥有绝对制空权。
蒙巴萨港口内的地下指挥部内，在日、德飞机退走后，艾森豪威尔一边指示部队冲出来展开救援，一边咬紧牙关听着各方汇报上来的紧急情况，2个多小时后，越来越多的信息涌了进来：
“陆基战斗机和舰载战斗机（也配置在陆地机场上）一共损失52架，其中47架在空战中被击落，5架在地面或起飞阶段被击毁，约有33名飞行员成功跳伞，目前搜救成功者17人，其余人员失踪，另俘获日、德飞行员各两人，我机场被全面摧毁，油库、弹药库发生大爆炸，损失极大，唯有地下深埋的3号油库安全。机场守军、地勤与其他人员伤亡400余人……”
“在港口停泊的军舰、运输舰或商船全部被击沉，暴怒号航母堵塞了航道，目前已成功救援海军官兵和水手2000余人，估计在空袭中失踪、阵亡的人员不少于2000……”
“码头、近岸工事遭敌重点攻击，大约24门中大口径高射炮被摧毁，剩余防空火力大约还有12门，40mm和20mm小口径高射炮群剩余一半，整体伤亡超过700人，码头各物资仓库共有49个，其中17个完好无损，被废墟掩埋，仍可抢救的14个，其余仓库完全毁灭或尚在中起火，其中2号弹药库、5、6号两个汽油、柴油库被摧毁，1号重油库正在起火，目前无法援救……”
“各地面部队基本都进入防空工事躲避，暴露在地面的坦克、装甲车、火炮与高射炮遭到敌军进攻，损失轻微，总体伤亡不超过100。”
“雷达站、通信枢纽遭到破坏，目前正在抢修，供水、供电设施基本完好