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比奇魔法学院自然魔法系所有层次班级的课程都分为魔法理论课，魔法实践课和野外探险课，不同层次的班级只不过根据学生的魔法层次授予不同的课程罢了。
魔法理论课，顾名思义，是指魔法导师在类似于我们普通的教室中给学生们讲述魔法的各种理论的课程。这种进行理论课学习的教室与我们平常的课堂唯一不一样的地方在于每一个学生的桌面上都镶有一块魔晶石，当然这种镶有魔晶石桌面的桌子是只有魔导士层次的班级才会配备的。这是因为魔导士层次的学生的魔力都比较高，再加上都自视极高，在听魔法导师授课的时候不免想当堂试验，这样会给学校带来不必要的损失。而桌面上镶嵌的魔晶石和一般的魔晶石不同，桌面上镶嵌的魔晶石不但可以给人提供魔力而且还具有一般魔晶石不具有的可是吸收魔力的特性。正因为这种魔晶石的这种特殊的特性可以在学生忍不住想当堂试验导师所讲的魔法理论的时候，自动感觉出学生的魔法波动，只要这股魔法波动超过一定的界限，这种魔晶石马上就会将超过界限的魔法波动的魔力吸收，这样学生冲动之举就会被及时的遏制，既可以保证学校的财产的安全，又可以将学生冲动时所费的魔力储存起来。
因此在比奇魔法学院自然魔法系魔导士层次的班级学习的学生在上课的时候都必须将双手放在桌面上，如果学生不将手放在桌面上的话，轻则被老师警告，重则被学校处分。
这样经过几百年的不断储存，镶在桌子上的每一块魔晶石都具有难以想象的魔力，所以曾经有人说过，谁得到比奇魔法学院魔导士层次班级内的所有魔晶石，谁就可以建立起纵横大陆的魔法部队。
但是由于每个镶在桌子上的魔晶石都被传说中的大魔导师比奇魔法学院的院长诸葛孔明在一百年前施加了一种特殊的结界魔法，如果破解不了这种结界魔法的话，魔晶石只能输入魔力而不能从魔晶石中得到魔力，再加上比奇魔法学院自身的强大实力，虽然法玛大陆所有的帝国都对这些魔晶石有窥测