受顾命，立皇太子，改元祺祥，请太后同省章奏。府君与曾书，言宜亲贤并用，以辅幼主，恭亲王宜当国，曾宜自请入觐，申明祖制，庶母后不得临朝，则朝委裘而天下治。曾素谨慎，自以功名大盛，恐蹈权臣干政之嫌，得书不报。厥后朝局纷更，遂致变乱，府君每太息痛恨于其言之不用也。
运于咸丰十年回京，或又与肃顺往还，所举迭为文酒之会之同人，不乏与肃顺相善者，肃顺轻满员，而雅重汉人名流也。未几有英法联军之役，继以政变旋作，肃顺坐叛逆被诛，于是同人星散。惟咸丰十年运在京亦为日不多，纵与肃顺气谊相投，非必有甚深之关系耳。民国三年，运应总统袁世凯之招，北上就职国史馆长，有《法源寺留春会宴集序》之作，文云：“法源寺者，故唐悯忠寺也。余以己未赁庑过夏，居及两年。其时夷患初兴，朝议和战，尹杏农主战，郭筠仙主和，而俱为清流，肃裕庭依违和战之间，而号为权臣，余为裕庭知赏，亦善尹郭，而号为肃党。然清议权谋，皆必有集，则多以法源为归。长夏宴游，悲歌薄醉，虽不同荆卿之饮燕市，要不同魏其之睨两宫。盖其时湘军方盛，曾胡犄角，天子忧勤，大臣补苴，犹喜金瓯之无缺也。俄而大沽失机，苏杭并陷，余同郭还湘，肃从西幸，京师被寇，龙髯莫攀，顾命八臣，俱从诛贬。自此东南渐定，号为中兴；余则息影山阿，不闻治乱。中间虽两至辇下，率无久留。垂暮之年，忽有游兴，越以甲寅三月，重谒金台。京国同人，既皆失职，其有事者，又异昔时，怀刺不知所投，认启不知所问。乃访旧迹，犹识寺门，遂请导师，代通鄙志，约以春尽之日，会于寺寮。丁香盛开，诤筵斯启，群英跫至，喜不遐遗，感往欣今，斐然有作，列其佳什，庶继兰亭，亦述所怀，以和友声云尔。”时年八十三矣。回顾五十余年前事，感慨系之，对于肃顺与己之关系，亦自道其梗概焉。至其咸丰十一年致书曾国藩，主张恭亲王奕当国，为国谋兼为肃顺谋，颇中利害。奕以皇叔而有能名，负重望，使肃顺辈礼下之，引与共事，垂帘之局，盖不易成