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枢政院除设立八部主要政务部门外，还设有具体事务机构大理寺、国家货币钱庄、都司寺。
大理寺，掌邦国折狱详刑之事，主要职责是专门审核天下刑名，凡罪有出入者，依律照驳；事有冤枉者，推情详明，务必刑归有罪，不陷无辜。设寺卿一人，少卿二人。下设大理丞六人，掌分判寺事，正刑之轻重。大理正二人，根据刑律科条参议用刑之轻重，若大理丞断罪不当，则以法正之。此外，又有主簿二人，掌大理寺之印章，凡官吏抵罪及雪免，皆立簿籍。
国家货币钱庄，掌国家金、银、铜矿的开采、冶炼，负责国家货币的铸造、发行，负责货币存储，有利借贷。设庄卿一人，少卿二人。
都司寺，掌全国治安，负责侦缉盗贼，抓捕违法，主要维护都城的正常秩序。
改军府为枢军院，枢军院为最高军政机关，负责战略谋划、处理日常事务，招募、训练军队，武器装备生产、后勤保障、预备役组织等事，设枢军相一人、副相二人。
枢军院下设兵部、参谋部、后勤部、军训部、军工部五部、各部设总长一人，副总长二人。
兵部，掌管全国军职将官的任免、考课、爵封、升降、调动、备案，军队编制、兵员统计等事。
规定将领的选授制度是各部副总长以上将官、军情处统领，各军团副军团长以上级别的将领由国王亲自选授；副师团长以上级别将领由军团长提名，枢军院考核，报呈吴嫣督相亲自面试，最后呈国王御批；大队长以上师团长以下各级将领由军团长提名，枢军院考核任命；大队长以下将领军团长可以直接任命，报枢军院兵部备案。
除兵部外，其余各部与军府时职能没有变化。
军机阁，负责决策和审议军事政务，专议征伐军机大事，军队调动、对外发动战争皆决于军机阁会议。军机阁由凌云志，三督相、枢军相、副相、枢军院各部总长、枢政院宰相，左、右二相、户部尚书、监察御史府总监察御史、内府总理、各军团长、海