性的打击，其所部大营本已经全军大乱。如今再见到主将脱逃就全部散逃了，竞相往打鼓港逃命。
义军趁胜追击，清军近半数被围歼于北城外大营，余部往西逃散，虽有郑嵩部接应可局势已败清军早已溃不成军了。
打鼓港可不是二百年后的高雄港。现在它仅是一个不起眼的小渔港，所停靠的船只根本不够将近两千人乘渡。慌乱中清兵残余至少有百余人自相挤落海中。遭到溺死。因无船可乘，困于打鼓港的清军千余人在义军追兵赶至的时候，尽数投降。
总兵郝壮猷、副将林天洛、参将那慕素里、都司罗光、游击郑嵩、守备黄乔等将都抢夺渔船逃回了府城。游击陈元则、随营同知王隽、经历罗纶等将战没，这一次的战役，清军游击以下的将官没于阵中的有19员，数部兵丁共计5000人，逃回府城的只有800多人。
凤山之战就像是给义军加了个一颗重重的筹码。让台湾这架相对平衡的天平彻底倒向了义
凤山的惨败不仅意味着清军四千余兵将的损失，还让义军在的方上的统治的到了极大的加固。特别是在凤山，即使一直保持中立的港东、港西（粤籍百姓集结的），也不敢再抵触义军派遣的治安官。而且闽籍百姓的参军热情更加高涨，在战后休整的十天中南路义军已经增至七千余人了。
凤山局势的糜烂让府城卧病在床的黄士简头疼欲裂，面对南路义军灼灼逼人的架势，无奈之下令柴大纪部撤回府城驻守。如此一来盐埕桥处的义军也大松了一口气，旋即兵分两路分别撤回了诸罗县城和大穆降进行休整。
台南、台中激烈的战事一经平息，等候双方的就是长久的沉没。义军在招兵买卖以扩充实力，还有安抚的方。加固自身的统治基础；清军则在一边加固城墙。一边静候北面的训责，黄士简、任承恩两部的大败必然会引起乾隆的不满。雷霆之怒是肯定的，至于落在谁身上那就不好说了。
正所谓：东方不亮西方亮。台南、台中的连连大战告一段落了，台北的却是开天大戏才上